烟笼寒水月笼沙，夜泊秦淮近酒家。
商女不知亡国恨，隔江犹唱后庭花。
1937年，日军攻进南京城，国军节节败退。日军在城内杀人放火，无恶不作，城内如同人间地狱。
十四个来自秦淮河畔的风尘女子为了在这乱世中保全，强行进入了圣保罗教堂以寻求庇佑。美国人约翰米勒一路奔波来到教堂为了收敛神父遗体。教堂里的学生对秦淮河的风尘女子甚是鄙夷，但她们对米勒是恳切的，她们希望米勒能帮她们离开南京城，每当乔治提起这个的时候，米勒都是拒绝的，甚至问乔治索要收敛遗体的钱。
女主角是十四个风尘女子中其中一个名为玉墨。
她不断的向米勒示好，也是希望他能帮助她和其他女人逃离南京城。米勒迷恋玉墨的外表，但他怕日本人同样也是拒绝了。自从秦淮河那些女人来教堂的第一天，女学生书娟就一直在观察她们，女人们粗俗的举止让书娟对她们的印象越来越差。女学生和秦淮河女人在教堂里针尖对麦芒，大打出手。一小批日军在这时冲入了教堂。秦淮河女人躲进了地窖，日军追赶着学生们不放，
其中一个在最开使得时候被打死了，
一个从楼上摔了下来摔死了
。米勒再也无法无动于衷，他站在了学生们面前。但残暴的日军对他爆头一击，朝后面的学生扑去，学生们瞬间向四周逃散。书娟被日军抓获了，日军欲对书娟实施强暴时，教堂外的李教官从窗户射入子弹击中了他。楼上楼下的日本兵迅速集合围剿李教官，教堂内平静了，但教堂外则陷入了一片乱战，李教官最终还是不幸牺牲。
米勒被救醒，书娟的一声‘米勒神父’还是触动了他的心，他无法在置身事外，但他也无法帮助她们。日本军官谷川的到来似乎给了她们希望，她们暂时安全了。
但在这期间豆蔻和香兰死了。
豆蔻为了给躲在地窖了快要死了的小士兵弹最后一首琵琶，她冒死回秦淮河畔取琵琶弦香兰为了一对耳环与她一起跑出了教堂。小士兵到死也没有等回豆蔻。豆蔻与香兰在回来的途中遭日军发现，最终凌辱致死。米勒与乔治去寻找她们，最终只带回了那串带血的琵琶弦。学生们为谷川歌唱，谷川揭露了他伪善的面目。他强制要求学生们参加庆功礼。学生们走投无路，书娟和其他的女学生相约赴死。她们来到了教堂楼顶，秦淮河女人、米勒、乔治相继赶来。
“我替你去”这是玉墨最开始说的，她不想让书娟这些女学生被毁掉，她曾经也如她们一般，她不想让她们经历她所经历的一切。
商女不知亡国恨，隔江犹唱后庭花。
不，秦淮河女人决定替女学生去庆功宴。
她们烫直减掉了头发换上了女学生的装束。在离去之时她们在女学生面前唱了最后一次‘秦淮景’在书娟眼里这一刻她们风华绝代。
风尘女子也可以有情有义，‘金陵十三钗’是对这些秦淮河风尘女子的赞歌，她们用生命来换取了少女的未来，包容了世界的丑恶。
我有一段情呀唱给诸公听
诸公各位静呀静静心呀
让我来唱一支秦淮曲呀
……
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