#适合新手小白看的10XGenomics单细胞测序技术
10×Genomics单细胞测序测序
对一群细胞当中的单个细胞做RNA表达情况的定量分析
整合了微珠加DNA标签，微滴发生，酶反应和高通量测序后的数据分析一系列技术，做出一个基于油包水乳浊液反应原理的分子生物学分析系统。
10×Genomics机器的功能是制备油包水的乳浊液，是配合芯片来进行工作的
芯片上面四排八列，共32个孔，一张芯片一次可以处理8个样本，每一列孔对应一个样本
编号为“1”的孔是用来放样本的
编号为“2”的孔是用来放预制微珠的（gel beads）的
编号为“3”的孔是用来放油的
最上面这排孔，是用来做好乳浊液后，回收乳浊液的孔
原理：
#微珠上DNA引物的设计
预制凝胶微珠（gel beads），美国凝胶微珠上种上特定的DNA片段
Barcode序列：是16个碱基的一段DNA序列，一共有400万种Barcode，一个微珠对应与一种Barcode，通过Barcode，可以把凝胶微珠区分开，任意两个凝胶微珠之间相差两个或两个以上的碱基。
UMI序列：unique multiplex index ，是一段随机序列，每一段DNA分子，都有自己的UMI序列，作用是在经过PCR，再深度测序得到的reads，可以看出哪些reads是来自于一个原始cDNA的，可以排除因为PCR效率的不同，而导致不同的reads得到的reads不同，可以排除PCR bias，
Poly（dT）序列：与mRNA结合，作为逆转录的引物，逆转录出cDNA
#芯片上的液流管路
EP管中是准备好的凝胶微珠，细胞混悬液在第一个十字交叉路口，与凝胶微珠混合到一起。
然后进入第二个十字交叉路口，油相在这个交叉路口加入进来，油把凝胶微珠和细胞混悬液包裹成一个一个油包水的小液滴
许多油包水的小液滴，就组成了一个乳浊液
在小液滴当中，有些是包含一个细胞的，有些的不包含细胞的，有些还会含有两个或两个以上的细胞。
在得到乳浊液之后，接下来把细胞膜破掉，让细胞中的mRNA游离出来。
mRNA与凝胶微珠上带标签的DNA分子相结合，在逆转录酶的作用下，逆转录出cDNA来
下图紫色区域为cDNA
接下来，把乳浊液当中的水相抽出来，也就是把带标签的cDNA抽出来，再把这些cDNA分子都加上接头，经过PCR扩增，做成illumina的测序文库
因为Barcode数量有限，为了避免出现多个细胞共用一个Barcode，就要控制细胞数，经验值是一个样本混悬液当中的细胞数控制在1万以下为好
一般一个细胞可以得到40000-80000个有效的UMI，平均一个细胞的一个基因有10个左右的UMI
