本能脑的结构很简单，只有一个原始的反射模块，可以让爬行动物对环境快速做出本能反应，比如遇到危险就战斗或逃跑，遇到猎物就捕食，遇到心仪的异性就追求等。爬行动物既没有情感也没有理智，体温随外界变化的特性也让它们无法在寒冷的环境中活动，但依靠这种简单的本能反应，它们不仅生存了下来，一些动物还活到了我们这个时代，比如鳄鱼、蜥蜴、蛇等。所以很多学者把本能脑也称为原始脑、基础脑、鳄鱼脑、蜥蜴脑，或者干脆叫爬行脑。
相应的，哺乳动物的大脑里也发展出一个独特的情感区域（边缘系统），脑科学家称之为“情绪脑”。在哺乳动物中，猴子经常被人类当作观察和实验的对象，因此情绪脑通常也被称作猴子脑。
