最近装bioconda走了很多弯路，记录下来以便自己回顾学习~
虚拟机：VMware 系统：bio-linux-8
安装教程参考这里：
http://www.360doc.com/content/18/0715/20/19913717_770622175.shtml
#下载和安装miniconda
$ wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#下载完成后在终端中安装
$bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
按照提示安装，完成后
$source ~/.bashrc #使以上的安装立即生效
此时出现报错：command not found: shopt
原因：linux 配置./bashrc 错误。系统使用的是zsh，故应该把bash换成zsh
参考：https://blog.csdn.net/weixin_30709809/article/details/97087306
解决方法：$source ~/.bashrc 改为：$source ~/.zshrc 成功~~
#输入以下命令检验miniconda是否安装成功
$ conda list
然后利用conda install 软件名+版本号安装软件即可，此时我需要安装的软件是hisat2、stringtie、samtools，安装的命令为：
$ conda install hisat2
安装报错：conda安装环境报错：Solvingenvironment: failed with initial frozen solve.
解决方法1：
参考：https://blog.csdn.net/weixin_41622348/article/details/100582862
更新conda到最新版本：conda update -n base conda
再查一下conda版本：conda -V
并不是最新版本conda 4.7.11
第二次更新conda到最新版本：conda update -nbase conda
第二次很重要！！！而且，这次它读环境的时候贼慢，我以为我电脑卡死机了呢，半年不动弹，等着就行了
更新完后再查一下conda版本：conda -V，发现是最新版本conda 4.7.11
然后执行：conda update --all
然后，装啥啥好使，整啥啥好使，啥啥都好使，好使就完事了！！！！！！
（然鹅，我的问题并没有解决）
解决方法2：
参考：https://www.cnblogs.com/hellojiaojiao/p/10790273.html
浏览器打开https://anaconda.org。查所要安装的包（如：samtools），会显示可用的版本。选择适合自己的版本（bioconda/samtools）。如选择的是,在命令行中输入：
$ conda install -c https://conda.anaconda.org/bioconda samtools 注意bioconda和samtools之间没有“/”。
（成功）
终极解决方法：
参考：https://www.cnblogs.com/RB26DETT/p/11620693.html
应该是路径中没有添加需要安装包所在的channel导致, 可以通过下面的方法彻底解决：
终端中输入代码：
conda config--add channels bioconda
再通过conda或者pip安装自己需要的包就不会再出问题了。
