一、配置linux系统
建立Ubuntu远程访问
hostname -I
# 获取主机及Ip地址
192.168.31.58 2409:8a6c:80:524::bc1 2409:8a6c:80:524:aa01:a517:a156:bf9f 2409:8a6c:80:524:1817:5d6a:660e:5ae3
更换软件源头
Ubuntu 的软件源配置文件是 /etc/apt/sources.list,在配置之前最好做个备份,然后将以上内容复制到该文件进行替换。
sudo gedit /etc/apt/source.list
默认注释了源码镜像以提高 apt update 速度,如有需要可自行取消注释
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
预发布软件源,不建议启用
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse
deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse
更新本地软件源列表:sudo apt-get update
根据刚才更新的软件源更新本地软件库:sudo apt-get upgrade
错误返回
E: Error, pkgProblemResolver::Resolve generated breaks, this may be caused by held packages
E: 错误,pkgProblemResolver::Resolve 发生故障,这可能是有软件包被要求保持现状的缘故。 E: 无法更正依赖关系
(举例子)
下列软件包有未满足的依赖关系:
mentohust:i386 : 依赖: libpcap0.8:i386 但是它将不会被安装 或
libpcap0.9:i386 但无法安装它 或
libpcap1.0:i386 但无法安装它 或
libpcap1:i386 但无法安装它
wps-office : 依赖: libc6:i386 (>= 2.12) 但是它将不会被安装
依赖: libstdc++6:i386 (>= 4.5) 但是它将不会被安装
依赖: libfreetype6:i386 (>= 2.4) 但是它将不会被安装
依赖: libglu1-mesa:i386 但是它将不会被安装
依赖: libcups2:i386 但是它将不会被安装
依赖: libglib2.0-0:i386 但是它将不会被安装
依赖: libsm6:i386 但是它将不会被安装
依赖: libxrender1:i386 但是它将不会被安装
依赖: libfontconfig1:i386 但是它将不会被安装
推荐: ttf-mscorefonts-installer 但是它将不会被安装
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解决办法:
补充:如果显示没有"aptitude"这个命令,安装它
sudo apt-get install aptitudesudo aptitude install #问题解决
安装ssh服务
sudo ufw allow ssh
开启ssh服务
systemctl start ssh
#Failed to start ssh.service: Unit ssh.service not found. 报错
SSH(Secure Shell)是一种网络协议,用于在不安全的网络中安全地进行远程访问和文件传输。它通过加密技术,确保通信的安全性,使得用户可以在不同的计算机之间安全地传输数据和执行命令。SSH 在 Linux 系统中被广泛使用,特别是在 Ubuntu 这样的开源操作系统中。
SSH 通过使用加密技术来保护通信的安全性。当用户连接到远程服务器时,SSH 会建立一个加密的隧道,所有的数据传输都会在这个隧道中进行加密和解密。这种加密方式可以防止黑客监听或篡改通信内容,确保数据的机密性和完整性。
SSH 还提供了身份验证机制,以确保只有授权用户可以访问远程服务器。用户可以使用密码、密钥对等方式进行身份验证,以证明自己的身份。
SSH 的基本概念
在使用 SSH 时,有几个基本概念是需要了解的:
客户端(Client):指连接到远程服务器的计算机,通常是用户自己的计算机。
服务器(Server):指远程主机,用户希望远程访问的计算机。
会话(Session):指客户端与服务器之间建立的连接,用户可以在会话中执行命令、传输文件等操作。
端口(Port):指网络通信中的一个逻辑连接点,SSH 默认使用 22 端口进行通信。
密钥对(Key Pair):指由公钥和私钥组成的一对密钥,用于加密和解密通信内容以及进行身份验证。
列软件包有为满足的依赖关系:
openssh-server:依赖:openssh-client(=1:7.6p1-4) 依赖:openssh-sftp-server但是它将不会被安装 推荐:ssh-import-id但是它将不会被安装 E:无法修正错误,因为您要求某些软件包保持原状,就是它们破坏了软件包之间的依赖关系
原因
openssh的版本问题,导致安装ssh-server时无法解决冲突。
解决方法
1.将Openssh卸载干净
sudo apt-get remove openssh-server openssh-client --purge -y
2.重新安装
openssh apt-get install openssh-server openssh-client
3.重启并查看openssh是否正常
systemctl restart ssh
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2.启动ssh-server$ sudo /etc/init.d/ssh start(或者restart)出现以下提示表明server sshd已启动:Starting OpenBSD Secure Shell server sshd
第 3 步:启用 OpenSSH
成功安装OpenSSH后,您需要使用以下命令在 Ubuntu 22.04 上启用它:
$ sudo systemctl enable --now ssh
输出
第 4 步:评估 OpenSSH 状态
接下来,借助以下“systemctl”命令验证OpenSSH 是否正常工作并且没有任何问题:
$ sudo systemctl status ssh
从输出中可以看到,OpenSSH 当前处于活动状态并在我们的 Ubuntu 22.04 系统上运行:
第5步:连接到SSH服务器
安装 OpenSSH 并使其处于工作状态后,您现在可以连接您的系统到另一个远程系统、计算机或服务器。但是,您必须确保该远程系统上也安装并启用了 OpenSSH。
在连接到服务器之前,您需要拥有要连接的帐户的内部/外部 IP 地址或主机名或用户名到;然后运行下面给出的命令
$ ssh username@ip-address/hostname
第 6 步:禁用 OpenSSH
当您不想使用OpenSSH时,出于安全目的您应该禁用它,以避免被任何恶意机器人检测到。为此,请在 Ubuntu 22.04 终端中执行以下命令:
$ sudo systemctl disable ssh --now
输出
我们编译了在 Ubuntu 22.04 上安装和启用 OpenSSH 的最简单方法。
结论
另外,需要的时候,还可以利用systemctl命令打开(start)/关闭(stop)/重启(restart)ssh server,例如下面的命令就可以用来重启ssh server服务
sudo systemctl restart ssh
安装好以后,ssh server应该已经开始运行了,可以用下面的命令检查ssh server的状态
systemctlstatussshd
1. 首先在Ubuntu上安装openssh-server
sudo apt install openssh-server
安装好以后,ssh server应该已经开始运行了,可以用下面的命令检查ssh server的状态
systemctl status sshd
如图,可以看到状态是active(running)
另外,需要的时候,还可以利用systemctl命令打开(start)/关闭(stop)/重启(restart)ssh server,例如下面的命令就可以用来重启ssh server服务
sudo systemctl restart ssh
2. 利用Ubuntu自带的ufw 修改防火墙状态
首先开启防火墙
sudo ufw enable
打开传输ssh的端口(默认22)
sudo ufw allow ssh
设置ssh server开机启动
sudo systemctl enable ssh
3.现在就可以用 ssh username@IP远程连接电脑了
查询IP地址
ip a
这里的192.168.1.112即为电脑IP
所以ssh连接这台电脑的命令为⬇️
ssh linuxconfig@192.168.1.112
4.到上一步为止,其实已经可以实现连接功能了,但是为了安全着想,最好将ssh的端口从默认的22改为另一个大于1024的数字
编辑ssh server配置文件
sudo vim /etc/ssh/sshd_config
Port 2222 #设置ssh的端口号
PermitRootLogin yes # 可以root远程登录
打开设定的ssh端口
sudo ufw allow 2222/tcp
重启ssh server
sudo systemctl restart ssh
现在,可以连接你的电脑了
ssh -p 2222 linuxconfig@192.168.1.112
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ssh -p2222jianlin@192.168.31.58 (个人电脑)
手机连接SSH
暂时无法在飞书文档外展示此内容
二、配置clash终端
笔者.bashrc文件下加入了clash别名,方便每次开启clash代理:
alias clash="~/Documents/software/clash";Copy
最后让~/.bashrc文件生效:
source ~/.bashrc
三、配置Linux环境
linux的bashrc文件在/home目录下,但是是一个隐藏bai文件,在文件管理器里面du按Ctrl+H即可显示(显示为.bashrc,前zhi面小点儿表示隐藏文件)。也可以直接利用terminal直接打开sudo gedit ~/.bashrcgedit换成你自己的文本编辑器,比如vim、atom,KDE桌面环境的默认是kate。
~/.bashrc文件在系统主目录下:
ls -a #显示所有隐藏文件
home/用户名下
ls -l #显示文件所有信息
gedit ~/.bashrc
删除空文件夹:rmdir 文件夹名
删除非空文件夹:rm -r 文件夹名
确认删除:rm -ri 文件夹名
强制删除:rm -rf 文件夹名
删除多个文件夹:rm -r 文件夹1 文件夹2 文件夹
手机远程连接SSH-连接Ubuntu
3.步骤
1. 在手机上安装终端模拟器应用,必要时赋予root权限
2.在ubuntu上安装openssh-server,命令如下:
sudo apt-get install openssh-server
3.查看ubuntu的ip和openssh-server的开启状态(注意,ubuntu的ip要为外网ip 或者与手机同处一个网段),命令分别为:
ifconfig 和 netstat -tpl
4.打开手机终端,输入命令进行远程登陆(或者使用图形界面进行登录):
su ssh username@192.168.1.2 (username为ubuntu用户,ip为ubuntu的ip)
5.输入密码后,提示登陆成功,尝试一下输入:
sudo shutdown -h now
输入密码后,电脑关机了 ,有木有!是不是 觉得很吊!
挂载硬盘分区
lsblk命令:lsblk用于列出系统中的块设备信息,包括硬盘和分区。通过使用lsblk命令可以查看系统中存在的硬盘和其对应的设备名称。例如,使用命令”lsblk”可以列出所有的块设备信息。
如果硬盘分区没有被自动挂载(即无法直接访问),则需要手动挂载它们。挂载是将硬盘分区连接到Linux文件系统的一个过程。
首先,创建一个目录来作为挂载点。例如,可以在/home目录下创建一个新的目录来挂载硬盘分区:
sudo mkdir /home/myhdd
然后,使用以下命令将硬盘分区挂载到新创建的目录:
sudo mount /dev/sda1 /home/myhdd
其中,/dev/sda1是要挂载的硬盘分区的设备名称,/home/myhdd是刚刚创建的目录。
进入硬盘目录
现在,可以使用以下命令进入刚刚挂载的硬盘目录:
cd /home/myhdd“`
这将切换当前工作目录到/home/myhdd,即进入了所挂载的硬盘分区。
现在,您可以在终端中运行各种命令,如查看文件和目录、创建、编辑和删除文件、执行程序等。
取消挂载
在使用完硬盘分区后,可以使用以下命令取消挂载:
sudo umount /dev/sda1
其中,/dev/sda1是要取消挂载的硬盘分区的设备名称。
请注意,在取消挂载之前,请确保您不再需要访问分区上的文件和目录,否则可能会导致数据丢失。
这就是进入Linux硬盘的方法和操作流程。
#挂载硬盘失败解决:
https://blog.csdn.net/u011895157/article/details/130559749#:~:text=1.%20%E5%88%A4%E6%96%AD%E6%98%AF%E5%90%A6%E6%8C%82%E8%BD%BD%E7%A3%81
二、安装Anaconda
Anaconda是Python和R编程语言的开源包管理器、环境管理器和发行版。它通常用于数据科学、机器学习、大规模数据处理、科学计算和预测分析。
国内镜像地址(国外连接下载慢,选择使用国内镜像下载):
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/
sudo wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2023.07-2-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-2023.07-2-Linux-x86_64.sh #安装
参考:
安装 Annaconda失败原因:
#主目录Home/用户名下有.conda和.condarc文件夹,已删除
rm -rf .conda
# 安装conda过程中选择
installation finished.
Do you wish to update your shell profile to automatically initialize conda?
This will activate conda on startup and change the command prompt when activated.
If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup,
run the following command when conda is activated:
conda config --set auto_activate_base false
You can undo this by running `conda init --reverse $SHELL`? [yes|no]
[no] >>> no
配置anaconda源
gedit ~/.condarcchannels: - https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ - https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ - https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --setshow_channel_urls yes#————————————————$版权声明:本文为CSDN博主「wujialaoer」的原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接及本声明。#原文链接:https://blog.csdn.net/wujialaoer/article/details/84977796
gedit ~/.bashrcexport PATH=/home/yourusername/anaconda3/bin:$PATHsource ~/.bashrc
配置Anaconda源
解决Anaconda报The channel is not accessible源通道不可用问题
配置Anaconda源
通常anaconda的默认源在境外,下载速度会非常慢甚至导致网络错误下载包失败,打开Anaconda Prompt使用以下方法将清华镜像添加到anaconda
https://zhuanlan.zhihu.com/p/348120084
conda info
conda config --setshow_channel_urls yes #查看当前源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --setshow_channel_urls yes
#以上成功
设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes
gedit ~/.condarcchannels: - https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ - https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ - https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --setshow_channel_urls yes#————————————————$版权声明:本文为CSDN博主「wujialaoer」的原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接及本声明。#原文链接:https://blog.csdn.net/wujialaoer/article/details/84977796
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
提示报错:condaerror:run ‘‘conda init’’ before "conda activate
解决办法:
首先终端输入 conda init
等段conda初始化
然后重启终端,可正常使用conda命令
设置环境变量
配置环境变量,这里的export PATH填的是conda的bin文件地址,我是安装在home目录的所以是这样,前面一个命令是添加环境变量,后者是刷新bashrc
注:三种配置环境变量的方法
修改/etc/profile
gedit /etc/profile
在末尾添加环境变量
source /etc/profile
修改.bashrc
gedit ~/.bashrc
export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH
source ~/.bashrc
3. 直接在shell下用export命令修改
export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH
刷新环境变量
source ~/.bashrc
然后conda -V要是正常就安装成功了
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原文链接:https://blog.csdn.net/Alex_81D/article/details/135692506
查看Linux的负载情况
要查看分区情况,那么输入命令:
sudo fdisk -l
查看物理cpu个数:
grep 'physical id' /proc/cpuinfo | sort -u
查看核心数量
grep 'core id' /proc/cpuinfo | sort -u | wc -l
查看线程数量
grep 'processor' /proc/cpuinfo | sort -u | wc -l
逻辑CPU:每个物理CPU中逻辑CPU(可能是core,threads或both)的个数:
cat /proc/cpuinfo | grep siblings
五、多核处理器
芯片厂商往往在一个CPU内部,包含多个CPU核心,这被称为多核CPU。
在系统负荷方面,多核CPU与多CPU效果类似,所以考虑系统负荷的时候,必须考虑这台电脑有几个CPU、每个CPU有几个核心。然后,把系统负荷除以总的核心数,只要每个核心的负荷不超过1.0,就表明电脑正常运行。
怎么知道电脑有多少个CPU核心呢?
"cat /proc/cpuinfo"命令,可以查看CPU信息。
"grep -c 'model name' /proc/cpuinfo"命令,直接返回CPU的总核心数。
文件夹操作
如果你要复制的文件在多个不同的目录下,可以使用通配符来匹配文件名。例如,如果你想复制所有以.txt结尾的文件到/backup目录中,可以使用以下命令:
cp *.txt /backup/
在linux中,find是一个功能强大的查找命令,如果你要实现拷贝指定后缀的文件,首先使用find查找后缀文件,然后使用-exec来执行拷贝动作,把这些后缀文件用{}来替代,命令就成了如下格式,假设我们这里要查找/home里py文件。
find /home -name "*.py" -exec cp {} /home/eyeglasses/pydir \;
命令, 路径, 后缀为py的文件, 执行cp命令 ,{}代表查找到的文件,拷贝到指定的目录,\代表不转义,;代表命令结束。
作者:eyeglasses
链接:https://www.zhihu.com/question/587924499/answer/3193606808
来源:知乎
著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。
find /data_hujianlin20210303 name "*.fg.gz" -exec cp {} /data_hujianlin20210303/getorganelle/ \;
find /var -name "boot.log" -exec cp {} /var/log/testroad-boot.log \;
touch batch.txt
ubuntu 修改自动休眠
服务器使用ubuntu 20.04或者22.04时模式会启用自动修改功能,如果系统较长时间不操作,系统就会自动休眠,这就会导致我们使用ssh远程访问时失败,无法进行远程访问,我们可以通过一下方式将自动休眠功能管理。
1、查看自动休眠状态
systemctl status sleep.target
如显示下面的内容则表示已关闭自动休眠
● sleep.target
Loaded: masked (Reason: Unit sleep.target is masked.)
Active: inactive (dead)
2、如果没有关闭则执行以下命令关闭自动休眠,执行后再查询自动休眠状态看一下是否成功
sudo systemctl mask sleep.target suspend.target hibernate.target hybrid-sleep.target
版权声明:本文为博主原创文章,遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明。
原文链接:https://blog.csdn.net/qq_29103181/article/details/139408264
使用咖啡因应用程序
这个想法是给你的 Linux 系统提供一些咖啡因(咖啡),这样它就不会休眠。
让我们看看如何酿造它。我的意思是如何使用它。
首先,在 Ubuntu 系统上安装 Caffeine。您可以在软件中心查找它并从那里安装它。
https://cn.linux-console.net/?p=17682
安装GetOrganelle组装软件
零基础教程 | 叶绿体基因组组装 - GetOrganelle
https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle 主页查看安装步骤
创建getorganell环境
conda create -n getorganelle #创建环境
第一步激活环境
conda activate getorganelle #激活环境
conda install -c bioconda getorganelleget_organelle_config.py --add embplant_pt,embplant_mt # 安装参考质体基因组# conda update --all #更新bioconda上所有包# conda update:# 更新指定的包
TEST: 测试下载Arabidopsis_simulated叶绿体基因组
#下载地址已更新-20240930
wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/blob/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.1.fq.gz
wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/blob/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.2.fq.gz
https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/blob/3b618df26b55a5b4bf80aff2a46c50d87b3494dc/Test/reads/Arabidopsis_simulated.1.fq.gz
#解决方案-Arabidopsis_simulated下载失败
#https://github-wiki-see.page/m/Kinggerm/GetOrganelle/wiki/Example-1
# use gitlab if above connection fails
wget https://gitlab.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/-/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.1.fq.gz
wget https://gitlab.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/-/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.2.fq.gz
#then verify the integrity of downloaded files using md5sum:
md5sum Arabidopsis_simulated.*.fq.gz
#运行命令
get_organelle_from_reads.py -1 Arabidopsis_simulated.1.fq.gz -2 Arabidopsis_simulated.2.fq.gz -t 1 -o Arabidopsis_simulated.plastome -F embplant_pt -R 10
安装Bandage可视化
https://anaconda.org/bioconda/bandage
bioconda/packages / bandage 0.8.1
conda install bioconda::bandage
Bandage load embplant_pt.K105.complete.graph1.selected_graph.gfa #bandage查看
组装原理
生成文件中:
embplant_pt.K85.complete(scaffolds).graph1.1.path_sequence.fasta和embplant_pt.K85.complete(scaffolds).graph1.2.path_sequence.fasta即为做得到的叶绿体基因组,其中K85表示选择的kmer为85,complete表明组装得到环状基因组,scaffolds或Contigs表示不止一条序列(未拼接成环)。
一般GetOrganelle组装会得到两个环,graph1.1和graph1.2,这是因为存在同分异构体,可以通过和模式植物比较选择顺序一致的进行后续分析。
作者:小飞虎
链接:https://www.jianshu.com/p/1aa9a684570a
来源:简书
著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。
正式组装
#参考雨林之美公众号
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU1Mzg4Mjk3OA==&mid=2247484329&idx=1&sn=250ac571f121656294284160f9df9cb9&chksm=fbed47a4cc9aceb2ec0d329a93b2f1bd1be02beae36f2722f7b7ab96614af9a302d3d90df188&cur_album_id=1518429988755210240&scene=189#wechat_redirect
#优先推荐的命令--auto(高等植物叶绿体基因组)
get_organelle_from_reads.py -1 sample_1.fastq.gz -2 sample_2.fastq.gz -F embplant_pt -o output-plastome -R 10 -t 1 -k 21,45,65,85,105
实践1
get_organelle_from_reads.py -1 T02_raw_1.fq.gz -2 T02_raw_2.fq.gz -F embplant_pt -o T02-plastome -R 10 -t 10 -k 21,45,65,85,105
实践
get_organelle_from_reads.py -1 T03_raw_1.fq.gz -2 T03_raw_2.fq.gz -F embplant_pt -o T03-plastome -R 10 -t 10 -k 21,45,65,85,105
GetOrganelle的批量组装
https://www.jianshu.com/p/b31304beebe0
https://wenku.csdn.net/answer/727950c5113747f19c52a330350ac9d8
while read a;
do get_organelle_from_reads.py -1 "$a"R1.fastq -2 "$a"R2.fastq -o "$a"-output
-R 15 -k 21,45,65,85,105 -F embplant_pt;
done < list.txt
# 序列文件的前缀放到list.txt即可,会将list文件中的每一行作为a值,替换到do后面的命令中
#以下写入batch.sh文本中
while read a;
do get_organelle_from_reads.py -1 "$a"_raw_1.fq.gz -2 "$a"_raw_2.fq.gz -o "$a"-output-20241002 -R 10 -t 16 -k 21,45,65,85,105 -F embplant_pt;
done < list.txt
sh batch.sh #执行batch.sh文本
parallel 并行运行命令
parallel<batch_Addreference.sh
https://blog.csdn.net/g310773517/article/details/141964095
组装失败调试
组成完成后许多测序数据无法拼接成环,因此进行重新调试,思路如下:
查询物种名称,使用物种已上传ncbi的叶绿体基因组作为参考进行组装。
https://www.bilibili.com/video/BV1gc411n7Yj?t=5.4
get_organelle_from_reads.py -1 T02_1.fq.gz -2 T02_2.fq.gz -o T02-output-20241003 -R 10 -t 16 -k 21,45,65,85,105 -s T02.fasta -F embplant_pt
叶绿体基因组的GetOrganelle组装、批量任务和结果合并
https://www.jianshu.com/p/b31304beebe0