1. DWI 简介
扩散加权磁共振成像（diffusion-weighted MRI，dMRI或DWI，它测量大脑不同部位（特别是白质束内）的相对弥散率。大脑的白质被髓鞘包裹着，有利于电信号的传输，也限制了水分子在白质内的扩散。水分子在垂直于细胞膜的方向上的扩散受到了限制，这种现象被叫做各向异性扩散。
使用 MRI 测量水分子扩散实际上是一个将 MRI 伪影转化为强大工具的故事。布朗运动导致了自旋的微小退相，导致测量到的MRI信号幅度略有下降。1965年，Stejskal 和 Tanner 了解了这种信号衰减探测组织样品中分子运动，并计算表观扩散系数（ADC）后，提出了一种新的脉冲梯度自旋回波磁共振序列。到今天为止，这一序列仍然是使MRI信号对扩散敏感的标准方案。
Le Bihan 提出了b值(b代表Bihan)，扩散衰减由b值调整，并以为单位测量。这个b值取决于
，水质子H的旋磁比，以及梯度的大小
、两个脉冲之间的时间
和施加扩散敏化梯度的时间
：
b 值为零的弥散加权图像与典型的 T2 加权图像几乎相同 - CSF 是亮的，灰质是暗的。随着 b 值的增加，你就越能让水分子脱相或对它们的分子位移“敏感”，这会导致更多的信号衰减。可以看到大脑特定部位的信号损失更大，主要是在白质内。这是因为这些白质束内的水主要沿着白质方向扩散，并且生成的图像显示相应较低的信号。
所应用的梯度的方向，被称为 b 向量（b-vectors）。如果你下载了扩散加权扫描的数据，就会有两个文本文件，一个通常有后缀.bval，表示 b 值，另一个有后缀.bvec，代表b 向量。
假设你在 40 个方向上收集了扩散加权图像。bvals 文件将有 40 个值，每个对应于这个方向上的 bval 。bvecs 文件将包含 40 个三元组数字，在 x、y 和 z 方向上的扩散梯度方向。
2. MRtrix 安装
跟着官网来就行。
Windows 系统在教程里装的那个mingw64里输命令。
3. 查看数据
MRtrix 可以读入和输出 NIFTI 格式（DWI常用的）的图像，但是有自己的储存格式，有.mif扩展名，存储速度更快。
将 NIFTI 格式转为.mif：
mrconvert data.nii.gz DWI.mif -fslgrad bvec bval
查看信息，输出包含几条信息，例如数据集的尺寸和体素大小，以及用于生成当前文件的命令：
mrinfo DWI.mif
在mrview里查看图像，输入命令 mrview，可以打开查看器。
在 View -> Ortho view可以变为三个角度同时查看。
鼠标前后滚动或者键盘前后键是查看不同slice，左右键是查看不同的volume。
在 Tool -> view option 里可以调整显示范围。
