文献信息：
标题：An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome
中文：人肠道宏基因组参考基因集
杂志：NBT
单位：BGI深圳
时间：2014
摘要：
人类肠道微生物组的许多分析都依赖于参考基因的目录。现有的人类肠道微生物组目录基于单个人群的样本或参考基因组或蛋白质序列，这限制了全球微生物组多样性的覆盖范围。在这里，我们将249个人类肠道基因组学（MetaHit）项目的新测序样本与1,018个先前测序的样本相结合，以创建一个来自三大洲的队列，该队列至少比以前的基因目录所使用的队列大三倍。据此，我们建立了包含9,879,896个基因的综合基因目录（IGC）。该目录包括大多数肠道微生物的接近完整的基因集，它们的质量也比以前的目录高得多。使用目录对来自中国和丹麦个体的一组样本进行分析，揭示了特定国家/地区的肠道微生物特征。扩展的目录应有助于定量量化肠道微生物组的宏基因组学，元转录组学和元蛋白质组学数据，以了解其在人类健康和疾病人群中的差异。
工作流程：
样本数据来源：
IGC覆盖度：
基因组覆盖度3CGC：
中国丹麦肠道微生物群差异：
low-occurence基因的丰度和功能：
