学习小组Day3笔记--宋语牧

linux环境下的软件安装

1.了解什么是conda （linux 下的应用商店）

2.给自己的服务器下载miniconda

百度搜索miniconda清华 找到对应版本的miniconda（uname-a 查看服务器位数）

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3.安装和配置miniconda

安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装完成后激活miniconda

echo export PATH=/home/USER/miniconda3/bin:PATH>>~/.bashrc
source ~/.bashrc

添加中科大镜像 （加快下载速度）

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda下载软件

下载fastqc

conda install fastqc -y

确认fastqc软件是否安装成功

fastqc --help

卸载软件

conda remove fastqc -y


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