【R】单细胞分析GO KEGG报错解决方法

xx <- compareCluster(gcSample,
                     fun = "enrichKEGG",
                     organism = "mmu", pvalueCutoff = 0.05
)

Error in download.KEGG.Path(species) : 'species' should be one of organisms listed in 'http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'... In addition: Warning message: In utils::download.file(url, quiet = TRUE, method = method, ...) : URL 'https://rest.kegg.jp/link/mmu/pathway': status was 'Failure when receiving data from the peer'

解决方法

install.packages("R.utils")
R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method",'auto')
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明：文章内容（如有图片或视频亦包括在内）由作者上传并发布，文章内容仅代表作者本人观点，简书系信息发布平台，仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容