民国风云一时的大商人苏杰生在日本与若子结下一段情愿，并许给她一个富贵的未来。可是，当若子怀孕了，他却畏惧妻子的威严，不敢将若子带回中国。若子生下儿子苏曼殊后，含着羞愤在一个月夜消失，从此音讯全无。
苏杰生将若子的姐姐何合仙带回了中国的老家，让他照顾幼小的苏曼殊。苏杰生的妻子陈氏是一个尖酸刻薄强势的女人，她对何合仙极其怨恨，将她安身在一间偏僻的小屋中。何合仙忍着各种生活和精神上的艰辛与折磨，潜心地养育着曼殊。小曼殊在苏家是很不受欢迎的，被称为野种。他的童年没有任何乐趣，和他一起的小伙伴们总会嘲笑他，欺负他，每次受到委屈，他都会跑到何合仙，他眼里的妈妈的怀里。每当这时，何合仙总会用尽所有的温柔来安慰着这颗受伤的心灵。
曼殊12岁那年，何合仙回日本了。当他发现母亲悄无声息地离去的时候，他都快要崩溃了。他知道，在这样一个冷血的家庭，他不会再感受到一点温暖的。果然，他生病了。没有人来照顾他，陈氏直接大声对下人宣布，将他关在那间破房子里，任其自生自灭，早点死了早了却一桩麻烦。
带着极大的悲酸，小曼殊来到佛门净地，选择出家了。然而，他红尘情未了，眼眸含情，时常会流泪。一天，他偷吃鸽子肉被发现了，遂被逐出佛门。无依无靠的他收到了母亲何合仙的来信，母亲在离开他的这几年，对他无比思念。于是，几经辗转，曼殊来到了日本母亲的家乡樱山村。在这里，民风淳朴，大家都热情地欢迎着曼殊的到来。母亲对于这一重逢更是欣喜无比，大设宴席为他接风。
宴席上，美丽的日本姑娘菊子为大家翩翩起舞，博得了所有人的称赞。在那一时刻，曼殊才第一次感受到了人间的温暖与快乐，才感觉到生命的价值。童年的悲惨孤苦，佛门的青山古钟，都不是他所向往的人生。这里，才是他心中的世外桃源。
在樱山村待了几日，曼殊觉得有些无聊，母亲便让他去后院摘菊花卖。曼殊不胜欢乐。他的菊花总是卖得很快。一日卖完花，曼殊在小河边洗着脚。突然看见水中多了一双白皙柔美的脚，原来是菊子来了。和菊子的一番小小的交流，曼殊的心中充满了甜蜜与幸福。在分别的时候，他将自己留下的一束菊花送给了菊子，菊子回给他一个大大地甜甜的少女的幸福的微笑，曼殊觉得那微笑是他见过最美的风景了。
自那以后，菊子每天都会在曼殊卖完花的傍晚和曼殊相遇。而曼殊，每天都会留一束菊花，在分别的时候送给菊子。爱情的种子在这个恬静的小山村火速地成长着，不久村里的所有人都看出了端倪，在曼殊剩下最后一束花的时候，总有人打趣地问他你这花还卖不卖呀？
一日两人相约一个山崖上。曼殊笑问对面是何山。菊子眼神黯然地答道，那是望夫崖。曼殊听了，一种不祥的预感急速地盘旋在心头。佛寺里的古钟声也在心中回荡着。童年惨淡的一幕幕重现在脑海。这些心酸的过去他从未对心爱的菊子讲过，就如他的母亲何合仙从未对他讲过他生母若子的故事。
那夜回到家中，曼殊便对母亲说他要娶菊子为妻。母亲犹豫了片刻，便欣喜地答应了。两人的爱恋大家都有目共睹，唯有曼殊是中国人，那时中日矛盾太过尖锐。何合仙为了儿子，很快便去菊子家提亲了。菊子的父亲对曼殊也挺欣赏的，于是也答应了。
两个人很快订婚了。订婚后两个人的相见因拘于礼俗少了不少，但还是会经常偷偷地见着面。
那时曼殊的父亲已经离世，只好通知陈氏前来作证婚人。
不消几日，陈氏便带着一大班子人风风火火地赶来。她傲慢地辱骂着曼殊，说他一个野种就会干这种丧尽颜面的事情，娶一个日本的艺妓。曼殊果断地回答道菊子当初是因为母亲去世家里急需要钱才去当艺妓的，那不能怨她，她也并为做任何出格的事情。陈氏看见昔日卑怯的曼殊竟然这样反驳她，心中更是火冒三丈。但这不是她的地盘，她斗了几句后便领着那帮人离去了。在她跨出曼殊家门的时候，她的一个随从偷偷回过头向曼殊竖起了大拇指。
陈氏当然不肯轻易罢休，她来到了菊子家。大骂菊子的老父亲，说他家攀龙附凤，说他家的女儿不配嫁进他们苏家。菊子的父亲是一个憨厚的农民，对于眼前这个穿着华丽旗袍的中国女人说不出任何话语。他纯洁的心灵受到冲击，家里的喜悦气氛也瞬间消失。陈氏嚣张地讽刺着这个老实善良的人，然后得意地离去。
那一天，曼殊收到菊子的来信。菊子约他午夜时分老地方相见。 曼殊不敢怠慢，准时赶到那个山崖。却看见山崖附近，一群人都在呼喊着菊子的名字。曼殊在一条溪流中看见了菊子的丝巾。继而，人们找到了菊子的遗体。
一个美丽的姑娘就这样香消玉殒了。曼殊的心碎了。他看着菊子的遗书，看着她说的“今生无缘，来生再会”，万念俱灰。
情殇过后的曼殊，投身革命，结识了大批先进革命分子。孤独寂寞时，频繁地青楼饮酒作乐，身体受到不少损害。
在一个小型音乐会上，曼殊认识了弹筝女百助。百助向曼殊求爱。那时，距离菊子离世已有10余年了。曼殊对菊子依旧深深爱恋着，拒绝了百助的求爱，回以:"鸟舍凌波肌似雪，亲持红叶索题诗。还卿 一钵无情泪，恨不相逢未剃时。”
1918年5月2日下午4时，曼殊因病逝世，留下八个字：“一切有情，都无挂碍。”汪精卫为其料理后事。孙中山出资为其在西湖孤山之阴修建了曼殊之墓，与秋瑾墓隔水相望。
一个伟大的佛学家，一个多情的才子，一个革命者的一生，竟是这样凄凉!
