关于利害关系人申报权利的时间，虽然《民事诉讼法》规定利害关系人可以在公示催告期间申报权利，但是根据司法解释规定，在公示催告期间届满后，除权判决作出前，权利人均可以申报权利；可见乙公司在公示催告期间届满后第三天申报权利，此时尚未作出除权判决，其申报也是有效的，故A、D选项错误。乙公司作为利害关系人申报权利的，法院应当通知申请人甲公司查验票据，对票据是否一致进行形式审查，但不能就票据权利义务进行实质审查，不能组织辩论、调解等方式对票据权利义务纠纷进行处理，故C选项正确，B选项错误。综上所述，本题答案为C。
