插件 | 基于序列的 T2T 基因组的着丝粒区域自动判断

写在前面

Emmm,基因组组装质量的评估标准有很多,伴随着测序技术的飞速发展,尤其是 pacbio hifi 和 nanopore,现在越来越多基因组可以组装到 T2T 水平。评价一个基因组是否基本达到 T2T 标准,那么需要判断起端粒是否组装出来。换句话说,端粒组装出来多少,甚至说准确与否,可以从一定程度反应基因组组装的质量。
早前,我们做了一点T2T相关工作,并讨论了相关idea。因为是side-project,一直只是说说,等到小朋友毕业答辩后,建立了一个side-project,预期做一个小工具,叫「T2Tvalidator」。



其中包括端粒(这个简单,因为存在保守motif),另一个是着丝粒(这个会麻烦一点点),当然还计划了更多内容,不过,似乎这个工作可以进一步放下,因为昨天,我们看到 Hort Res 期刊推出了一个非常漂亮的工作,



几位老师推出了一个非常实用的工具,提供了网页服务器和本地软件包。这个工作非常好,可以解决不少组装结果评估问题,非常实用!我们做相关工作的时候,也进行了一些探索,逻辑上是类似的,主要是基于着丝粒的序列特征。讨论了下,既然side-project没必要继续开展,那么干脆让小师弟做的小部分结果打包成 TBtools 插件,也方便各位朋友使用(如果大伙想在本地非常快速地进行 T2T 端粒鉴定和评估的话),也作为一个补充。

打包插件

事实上,小师弟确实“没花时间”,因为就只写了一个 python 脚本。让他把打包过程也记录下,结果有了这张图


Emmm... 也行吧,不得不说,TBtools 打插件实在太方便了。估计不到 10min 就搞定了。
随后,Export 得到插件「Centro Locate.plugin」。



顺手我就把插件上传到 TBtools 的 Plugin Store。欢迎大伙下载使用。


使用插件

从插件商店安装插件(跳转链接中下载 .plugin 文件,随后 install plugin)即可,随后打开插件



可以看到使用非常简单,比如使用拟南芥的 T2T 基因组。



运行结束会输出比较多的文件,在其中找到输出的图片文件,即可看到

具体还有其他较多文本信息,不做赘述,有朋友感兴趣的话,或许后续我们会详细做个介绍

其他示例

事实上,类似的策略我们在不少物种基因组中有做尝试,包括各种已报道的 T2T 基因组。逻辑上只要着丝粒区域有组装出来,多数还是可以自动鉴定出来。




最后

欢迎大伙玩玩。小插件,作为已有策略或方法资源的一个补充,也算是Archive一个项目。

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 212,222评论 6 493
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 90,455评论 3 385
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 157,720评论 0 348
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 56,568评论 1 284
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 65,696评论 6 386
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 49,879评论 1 290
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 39,028评论 3 409
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 37,773评论 0 268
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 44,220评论 1 303
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 36,550评论 2 327
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 38,697评论 1 341
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 34,360评论 4 332
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 40,002评论 3 315
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 30,782评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,010评论 1 266
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 46,433评论 2 360
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 43,587评论 2 350

推荐阅读更多精彩内容