明朝作为中国历史上的又一个大一统王朝，在长达276年的时间里，大明王朝一共历经16位帝王。其实，相较于其他大一统王朝而言，明朝的帝王世系相对较为简单，如下图所示，整个大明王朝帝王世系一共只经历了三次偏移而已。
第一次世系偏移：“靖难之役”后朱棣称帝
懿文太子朱标作为明太祖朱元璋与马皇后的第一个儿子，乃是毫无疑问的嫡长子，因而当朱元璋在应天府自立为吴王时，朱标便被立为了世子。而当明太祖朱元璋于洪武元年（1368年）称帝建立大明后，朱标则顺理成章的成为了皇太子。
虽然由于朱标早逝未能顺利继位，但其次子朱允炆虽然只有半个嫡孙的身份（其母吕氏本为妾室，在太子妃常氏去世后被扶正），但还是被朱元璋立为了皇太孙。
洪武三十一年（1398年），明太祖朱元璋驾崩，皇太孙朱允炆即位。朱允炆登上皇位后，由于藩王对中央政权构成威胁，开始大肆进行削藩，在位一年之内便连削五王，结果最终逼的燕王朱棣以“清君侧”为名义起兵，“靖难之役”爆发。
从建文元年（1399年）至建文四年（1402年），整个“靖难之役”持续四年，坐拥天下的朱允炆却被朱棣击败，最终朱棣攻破南京城，随着皇宫的一把大火，建文帝朱允炆就此下落不明，朱棣称帝即位，是为明太宗（后改为明成祖）。明朝的帝王世系，就此从朱标世系变为了朱棣世系。
第二次世系偏移：朱厚照死后无子，其堂弟朱厚熜即位
“靖难之役”后，明朝的皇位便始终在朱棣一脉传承，先后传承了七位帝王：明仁宗朱高炽、明宣宗朱瞻基、明英宗朱祁镇、明代宗朱祁钰、明宪宗朱见深、明孝宗朱祐樘、明武宗朱厚照。
在此期间，曾差点再度发生世袭偏移，那便是正统十四年（1449年），明英宗朱祁镇率兵亲征瓦剌，结果惨遭“土木堡之变”，不仅搞的全军覆没，就连自己也被瓦剌俘虏，危急存亡时刻，在于谦等人的支持下，明代宗朱祁钰继位，是为明代宗。
不过，朱祁钰在位仅仅八年时间，明英宗朱祁镇便趁着朱祁钰病重自己，在石亨等人的支持下，通过“夺门之变”重新夺回了皇位。于是，皇位的传承再次回到朱祁镇一脉。
直到正德十六年（1521年），明武宗朱厚照驾崩，由于其死后无子，导致明孝宗朱佑樘一脉绝嗣，于是内阁首辅杨廷和等人迎立明宪宗朱见深之孙、兴献王朱祐杬之子、明武宗朱厚照堂弟朱厚熜即位，是为明世宗，导致明朝帝王世系再度偏移。
第三次世系偏移：朱由校死后无子，其弟朱由检即位
朱厚熜即位之后，明朝皇位便又在其一脉传承，先后传承了四位皇帝：明穆宗朱载坖、明神宗朱翊钧、明光宗朱常洛、明熹宗朱由校。
直到天启七年（1627年）八月，明熹宗朱由校因不慎落水而一病不起，最终于同月二十二日病逝，因其死后无子，又留下了让五弟朱由检即位的遗命。因而信王朱由检于两日后登基为帝，是为明思宗。
以上便是明朝十六帝的帝王世系，相较于其他王朝来说，血缘关系并不算复杂，只是发生过三次世袭偏移而已。
至于南明时期，由于战乱的影响，帝王世系相对较为复杂，其中弘光帝朱由崧是明神宗朱翊钧之孙、福忠王朱常洵长子，算是明熹宗朱由校和明思宗朱由检的堂弟。明绍宗朱聿键则血缘关系更远，乃是明太祖朱元璋第二十三子唐王朱桱一脉，绍武帝朱聿鐭则是明绍宗之弟。南明的末代皇帝永历帝朱由榔，则又是明神宗朱翊钧之孙、桂端王朱常瀛之子。
