一个针对于连续型变量的统计图:箱线图(boxplot)
解读箱线图最基本的三要素:
1、箱子的中间一条线,是数据的中位数,代表了样本数据的平均水平。
2、箱子的上下限,分别是数据的上四分位数和下四分位数。这意味着箱子包含了50%的数据。因此,箱子的宽度在一定程度上反映了数据的波动程度。
3、在箱子的上方和下方,又各有一条线。有时候代表着最大最小值,有时候会有一些点“冒出去”。请千万不要纠结,如果有点冒出去,理解成“异常值”就好。
然而,也不是所有连续型变量数据都是适合画箱线图,有些画出来箱线图会变扁,被压得很丑,
这时候就可以取这些数据得对数变换,堪比整容,专治各种不对称分布、非正态分布和异方差现象等。(log2)
所以在处理数据时,如果需要画箱线图,最好还是先将数据进行对数变换,这样,画出来的图就美美哒啦!可以参考代码:
数据exprSet如下图示:
## 组间校正
library(limma)
exprSet=normalizeBetweenArrays(exprSet)
boxplot(exprSet,outline=FALSE, notch=T, las=2)
# 自动log化
ex <- exprSet
qx <- as.numeric(quantile(ex, c(0., 0.25, 0.5, 0.75, 0.99, 1.0), na.rm=T))
LogC <- (qx[5] > 100) ||
(qx[6]-qx[1] > 50 && qx[2] > 0) ||
(qx[2] > 0 && qx[2] < 1 && qx[4] > 1 && qx[4] < 2)
if (LogC) {
ex[which(ex <= 0)] <- NaN
exprSet <- log2(ex)
print("log2 transform finished")
}else{
print("log2 transform not needed")
}
exprSet <- as.data.frame(exprSet)
总结:
1、箱线图是针对连续型变量的,解读时候重点关注平均水平、波动程度和异常值。
2、当箱子被压得很扁,或者有很多异常的时候,试着做对数变换。
3、当只有一个连续型变量时,并不适合画箱线图,直方图是更常见的选择。
4、箱线图最有效的使用途径是作比较,配合一个或者多个定性数据,画分组箱线图。
参考于:https://www.sohu.com/a/134414348_455817,里面对于箱线图描述得更详尽