1. 官网
https://cytoscape.org/index.html
2. GitHub
https://github.com/cytoscape/cytoscape
3. 教程
https://zhuanlan.zhihu.com/p/220527695
http://www.bio-info-trainee.com/tag/cytoscape
https://www.jianshu.com/p/c0730a5285d1
https://www.jianshu.com/p/1d9b3e7e229b
https://www.jianshu.com/p/6e60b720a8f0
4. 使用
4.1 在Linux系统下打开Cytoscape
bash /path/to/cytoscape.sh
4.2 导入数据
导入表格形式的数据：
File->Import->Network From File
导入以后一定对导入数据每一列的属性进行规定：
选择node属性
选择edge属性
4.3 对edge样式进行调节
此例中调整为
edge的颜色和宽度随着weight数量而变动：调整
edge的颜色随着weight数量而变动:
调整edge的颜色随着weight数量而变动调整
edge的宽度随着weight数量而变动:
调整edge的宽度随着weight数量而变动
5. Cytoscope App Store
Cytoscope App Store
6. 插件
6.1 GeneMANIA
http://genemania.org/
http://www.360doc.com/content/18/0410/10/42030643_744385259.shtml
6.2 iRegulon
https://cloud.tencent.com/developer/article/1854018
https://www.jianshu.com/p/51d9e2143fb7
https://zhuanlan.zhihu.com/p/156613539
http://www.360doc.com/content/18/0524/11/42030643_756605046.shtml
7. 向已有网路中导入新的一列
- 要注意用来
mapping的一列保持一致，不要有缺少的项
- 主要在创建新导入的列时，谨慎选择正确的
列类型；程序并不会根据实际情况来识别，只能自己在创建的时候规定好列类型
