Day 3 linux环境下的软件安装

conda-Linux中的应用商店

1.conda的下载

搜索miniconda清华——>寻找Linux中匹配系统的最新版本(64-bit(x86_64)、32-bit(x86))——>复制网址——>打开ubuntu——>输入wget+网址——>下载成功后bash+文件名,安装conda——>输入source ~/.bashrc激活——>

2.在conda中下载软件

1.查看软件列表:conda list
2.搜索软件:conda search+文件名
3.安装软件:conda install +文件名 -y(默认最新版,y指全部回答yes,文件名与-中有空格)需要老版本:conda install fastqc=0.11.7 -y
4.卸载软件:conda remove +文件名 -y

3.conda环境

1.查看conda中的环境:conda info --envs(info与--之间有空格)
2.建立新环境:conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y(建立一个名叫rnaseq的conda环境,指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(啥意思)(这两个可以一步完成)
3.激活新的环境:conda activate rna-seq

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