皎洁的月光伴着清凉的晚风在宽广深邃的海面上泛起粼粼波光，一位少年坐在海边陈旧的渔船上吹奏着长笛，舒缓优美的旋律悠扬远去，令人心旷神怡。
大海深处一条会发光的小金鱼经常在这个时候浮出海面，偷偷倾听这一首首婉转动听的笛声。纵使少年已离去，它还是会趴在海面久久回味、意犹未尽，这宛如天籁般的音律就这样明媚了它枯燥的无聊的海底时光。
可是，此时的曲子越来越悲伤，引得鱼儿心里翻江倒海，眼泪忍不住想迸出眼眶。曲子停了，少年哭了，小金鱼不由自主地游到海边。
看着悲恸哭泣的少年，小金鱼开口了：“请问，你为何流泪哭泣？”
少年奇怪的看着面前会发光的小金鱼，奇怪地问：“是你在说话吗?小金鱼！”
小金鱼说：“是的，告诉我你伤心的理由吧，说不定我可以帮助你。”
少年伤心地说：“母亲重病，不知如何医治，遍寻良医，依旧束手无策。”随后发出一声很深很重的叹息声。
小金鱼听罢，摆摆它的尾巴，笑着说：“我可以帮你啊，看到我身上那四片会发光的鱼鳞了吧，你可以拔走一片，送给你去实现你的愿望。不过，一片鱼鳞只能救一个人哦！”
少年高兴而又担心地问：“那你就少了一片会发光的鱼鳞了。”
小金鱼又摇摇尾巴说：“不用担心，我只要偷偷地去海底的鱼仙洞讨一颗仙丹，吃掉之后，我的金鳞片又会发出新芽了。”
少年就在小金鱼身上满身的鱼鳞里面寻到了发光的鳞片，拔走了鳞片，缠绕在小金鱼身上的金光顿时变得好弱好弱。小金鱼告别了少年，它要赶紧去讨那颗仙丹。时间过去久了，普通的鱼鳞就会占据那个会发光的位置冒出新芽，它的金鳞片就永远都消失了。
少年看着远去的金鱼，心里充满了感激之情，但是看看手里的鳞片，他又感觉自惭形秽，因为他偷偷摘了两片金鱼鳞。他想：这样我就可以多救助一条苦难的生命了，反正小金鱼一颗仙丹就可以恢复一片鱼鳞，下次一定要跟它道歉顺便告诉它，他多拿了一片鱼鳞。
果然，没多久，少年病怏怏的母亲就恢复得又年轻又健康，他还救了一个病入膏肓的小孩子的命。
很快这件事就被久居深宫的皇帝知道了，皇帝正因为皇后和公主得了同样的不治之症而愁眉不展，随听闻此消息，立马命人把少年抓来，让他去讨金鱼鳞救治病重的皇后，只要救活了皇后，就会把公主许配给他。如果救不活皇后就把他们村子都毁了。
少年很害怕，忐忑不安地吹着长笛，呼唤金鱼游上海面来。
小金鱼高兴地游到少年身边，问：“看你这么忧伤，还需要我帮忙吗？”
少年就把皇帝让他救皇后的事情告诉了小金鱼，小金鱼说：“为了全村的村民，你拔走一片鱼鳞吧”
少年看到小金鱼的身上，在上次拔走鱼鳞的地方又长出了小小的鳞片，他就放心了。然后拔走了发光的鳞片，对小金鱼表示了无限感恩。小金鱼又告别了少年，焦急地朝深海游去，它又要去讨仙丹了。
少年看到远去的小金鱼，惭愧地红了眼睛，他又偷偷拔掉两片鱼鳞。他想：我救了皇后，娶了公主，我还得救公主啊，先拔掉两片吧，反正小鳞片会重新长出来的。下次，我一定跟小金鱼道歉，争取取得它的谅解。
然后，少年救活了皇后和公主，还跟公主举行了轰动全京城的婚礼。
可是，少年一点都不快乐，他带着愧疚的心来到海边，又吹起了笛声，希望向小金鱼道歉。然后等了好久也没看到小金鱼。正当他打算离去的时候，一只乌龟慢腾腾地游到他面前，告诉他小金鱼不能来的原因：小金鱼丢了两片金鳞片，被龙王发现了，龙王一怒之下罚它困在深海很多年……
自责无情地蹂躏着少年的心，少年对着大海伤心地喊：“对不起……”
渐行渐远的老乌龟转过身，意味深长地说：“你应该早点说呀，早点说，错误是可以弥补的”
后来，龙王说金鳞片是仙界的珍贵之物，怎么可以流落凡尘，便派人去解决这件事情。
于是，尘世的光阴又返回到那一天，依旧是皎洁的月光，波光粼粼的海面，依旧是习习凉风，还有坐在船头忧心忡忡的少年，吹着悠扬悲伤的曲子，只是少了那个爱听曲子、偷偷浮出水面的小金鱼。
