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x86_64

创建biosoft文件夹

mkdir biosoft

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开始安装

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协议

同意协议输入yes回车

确认安装位置

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安装成功

激活 source ~/.bashrc

激活

添加镜像

add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --set show_channel_urls yes
(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ ^C

使用conda

conda list 查看当前服务器上安装的所有软件列表

image.png

安装fastqc软件

conda install fastqc 一步步安装，需要确认的问题需要手动输入
conda install fastqc -y 安装过程中conda问的问题全部回答yes

image.png

确认软件是否安装成功

查看fastqc的帮助文档确认是否安装成功
fastqc --help

帮助文档

卸载软件

conda remove fastqc -y

image.png

关于conda init

安装时通过运行conda init这个程序来初始化miniconda3
参考

官方建议的是选yes，那么选择yes和no有什么区别呢？
1、选择yes：
选择yes的话，bashrc文件中会添加以下内容，这样在打开终端时自动执行conda activate root命令，这样在终端输入python的时候默认是python3（CentOS7及7以下默认装的是python2）。
这样的话，启动虚拟机shell命令前面出现(base)字样，默认python3（当然，conda deactivate这个命令又可以回去）
2、选择no：
选择no的话，在安装完anaconda后需手动添加环境变量：
以下是选择no的终端shell命令格式：
这里，终端输入python，就会选择python2，当然可以通过以下命令切换到python3:
conda activate root
————————————————
版权声明：本文为CSDN博主「青山呦」的原创文章，遵循CC 4.0 BY-SA版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。
原文链接：https://blog.csdn.net/qq_41126685/article/details/105525408

查看当前conda有哪些环境

conda info --envs

当前有哪些环境

建立一个新环境

conda create -n RNA_seq python=3 fastqc trimmomatic -y
创建名叫RNA_seq的新环境，环境python版本为3，安装软件fastqc、trimmomatic.

创建新环境并安装软件

再次查看conda下有哪些环境

当前环境前面带有*

image.png

激活新环境

conda activate RNA_seq

image.png

退出当前环境

conda deactivate

image.png