今天的主要内容就是两个，一个是装miniconda，另外一个是装miniconda里面的fastqc软件
miniconda来源：miniconda 清华

conda安装步骤：

1.查看服务器位数 命令uname -a
2.进入你的biosoft文件夹
3.用wget 下载链接
此时会有一个下载过程
4.安装命令 bash 下载的conda 安装包名称全称，以.sh结尾

当你看到一行“Do you accept the license terms? [yes|no]”说明安装要开始了【注意看下图的操作，程序让你enter就enter，让你yes就yes】 引用自生信星球

安装完成后会有 thank you for installing Miniconda3！的提示
5.安装完成后激活conda，代码source ~/.bashrc
代码敲入后输出conda，出现很多信息就说明成功了
5.删除conda，conda会在主目录里面，因此一定要仔细查看，否则rm -r就会报错
一个好的镜像，来自中科大

使用中科大的镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes 引用自生信星球

fastqc安装过程

1.conda list 查看服务器上安装的软件列表
2.安装软件 conda install fastqc -y #-y的好处在于不用回答安装过程中的问题
3.安装完毕后确认是否安装成功 fastqc --help 如果能出来帮助文档，就说明安装成功了
4.如何卸载 conda remove fastqc -y

补充内容之 conda环境

自我理解就是不同的conda项目，类似于window的一个大文件夹
1.查看目前的conda有哪些环境
conda info --envs 前面带*的就是默认的环境
2.新建conda环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
这里含义是新建一个名为rna-seq的conda环境， -n是-name的缩写，指定python的版本是3，再一次性安装两个软件
3.安装完成后再次查看conda环境，conda info --envs
4.激活新的conda环境
conda activate rna-seq 默认的环境会转移到rna-seq前面
用户名前面也会变成（rna-seq）
5.试试输入fastqc，教程会出现一大片信息，但是我自己做的时候，系统会报错，没有fastqc这个命令，于是我就重新安装 conda install fastqc -y 才可以使用
6.如何退出
conda deactivate activate是激活的意思，deactivate是是无效的意思，这样比较好记

感悟

linux 和R语言想要玩转都需要花很多时间，而且不要浮躁，linux比我想象的要难一点，老是报错，寒假要好好补课了，加油！