前一段时间TCGA数据库改了版，TCGAbiolinks包原来的代码没有办法获取相关的mRNA和lncRNA数据，但是TCGAbiolinks包的作者很给力，很快就将TCGAbiolinks包进行了更新，所以需要重新安装TCGAbiolinks：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("remotes")

BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinksGUI.data")

BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")

BiocManager::install("SummarizedExperiment")

安装好这些包后，需要对代码进行一些修改，例如workflow.type这里需要改为workflow.type="STAR - Counts"，使用assay函数获取表达矩阵的时候需要设计参数i，也就是选择你要下载的数据格式：

geneexp <- assay(mydata,i = "unstranded")#tpm_unstrand fpkm_unstrand

例如你要下载Counts格式就需要i= "unstranded"，下载tpm格就要i="tpm_unstrand"，下载fpkm格式就要i=" fpkm_unstrand"。

TCGA改版后最大的好处就是不需要转换id了，可以直接获取具有基因名字的表达矩阵，同时可以直接提取出mRNA矩阵和lncRNA矩阵，可以节省不少时间和精力。

write.table(mRNA,"mRNA.txt",quote = F,sep = "\t",row.names = F)

write.table(lncRNA,"lncRNA.txt",quote = F,sep = "\t",row.names = F)

这样就可以轻松一步到位获取TCGA数据库的mRNA矩阵和lncRNA矩阵，比使用perl方便多了，不需要安装多余的软件，全程使用R语言。