1.conda的下载以及环境的搭建
（1）conda的下载
可以去官网下载适合自己的版本，miniconda官网：https://conda.io/miniconda.html，也可以用下边的命令。
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
这里选择的是latest-Linux版本，所以下载的程序会随着python的版本更新而更新（现在下载的版本默认的python版本已经是3.8了）
（2）安装
chomd 755 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
为防止conda污染其他软件的环境，在询问是否将conda加入环境变量时选择no，其他选择yes。
（3）启用conda
# 进入miniconda的bin目录
chmod 755 activate #给权限
source ./activate
这时候会出现base，表明已经处于conda环境中。
image.png
（4）为conda配置下载源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
显示安装频道
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --get channels #查看已安装的内容
（5）安装软件
conda install gatk
conda install gatk=3.7#安装特定版本
conda update gatk #更新软件
conda remove gatk#卸载软件
退出与激活环境
conda activate #激活
conda deactivate #退出
如果退出环境，则之前用conda安装的一系列软件都会不可用，如果使用的话就必须激活conda环境，还有一种解决办法是给处理的文件夹配置一个conda的软链接。
mkdir /home/biosoft
export PATH="/home/biosoft:$PATH" #将这个文件夹加入到环境变量中
ln -s /root/miniconda3/bin/gatk /home/biosoft
每次启动linux都要重新启动一下conda环境，也可以用alisa免去环境启动步骤。
alias condaup='source /root/miniconda3/bin/activate' #保存并退出
source ~/.bashrc #重启生效
#接下来可以验证一下，首先退出conda环境
conda deactivate
#输入命令
condaup
image.png
（6）自己搭建环境
conda create -n py27 python=2.7 #比如建立一个python2.7的环境，-n是name，自己取的名字
conda remove -n py2 --all#删除环境
