Newick Utilities是一套用于处理系统发育树的unix shell工具，其功能包括重置根（re-root）、提取子树、修剪、合并枝以及可视化。
Newick Utilities工具主要特点：
- 无需交互模式
- 一次运行可以批量处理多个树文件
- 能够处理大数据集的树文件
- 既可以读取也可以输出
Newick Utilities所有工具的功能：
- nw_clade： 提取由节点标签指定的子树
- nw_condense：简化树
- nw_display：显示树
- nw_duration：将节点分化时间转换为持续时间
- nw_distance：打印节点间的遗传距离
- nw_ed：流编辑器（类似于sed、awk）
- nw_gen：随机树生成器
- nw_indent：以缩行式显示树
- nw_labels：打印节点标签
- nw_luaed：类似于nw_ed
- nw_match: 在另一棵树中查找树的匹配项
- nw_order：排序
- nw_prune：根据标签删除分支
- nw_reroot：重置根
- nw_rename：标签重命名
- nw_sched
- nw_stats：统计
- nw_support：计算给定复制树的树的引导支持
- nw_topology：改变分支属性，保持拓扑结构
- nw_trim：将树的边缘设置在指定深度
实例演练
1. nw_display显示树
nw_display mytrees.nw
cat mytrees.nw | nw_display -
nw_display - < mytrees.nw
nw_display -w 60 catarrhini.nw ##限制显示长度
nw_display -w 60 -Ir catarrhini.nw
nw_display -s catarrhini.nw > catarrhini.svg
inkscape -f catarrhini.svg -A catarrhini.pdf
nw_display -sr -S -w 450 catarrhini.nw
nw_display -sr -S -w 450 -c css.map catarrhini.nw
2. nw_stats显示树的属性
nw_stats catarrhini.nw
# Type: Phylogram
# nodes: 19
# leaves: 10
# dichotomies: 9
# leaf labels: 10
# inner labels: 6
3. nw_reroot重置根
nw_reroot simiiformes_wrong Cebus | nw_display -s -
nw_reroot simiiformes_wrong_3og Cebus Allouatta | nw_display -s -
nw_reroot -l vrt1cg.nw Danio Fugu Tetraodon | nw_display -s -v 20 -
nw_reroot vrt.nw | nw_display -s -b ’opacity:0;visibility:hidden’ -v 25 -
有根树变为无根树
nw_reroot -d fagales.nw | nw_display -s -v 20 -
4.nw_clade提取树
nw_display -sS catarrhini.nw
nw_clade catarrhini.nw Cercopithecidae | nw_display -sS -
nw_clade catarrhini.nw Gorilla Hylobates | nw_display -sS -
nw_clade -m catarrhini Homo Gorilla Pan | nw_display -sS -v 30 - # 检测该分支是否为单系
nw_clade -c 2 catarrhini.nw Gorilla Homo | nw_display -sS -
5.nw_surpport
nw_support HRV.nw HRV_20reps.nw | nw_display -sr -S -w 500 -i ’font-size:small;fill:red’ -
6.nw_topology展示拓扑，忽略枝长
nw_topology vrt1.nw | nw_display -w 60 -
7.nw_distance展示遗传距离
nw_distance -n catarrhini
8.nw match鉴定具有相同拓扑结构的系统发育树
nw_match hominoidea.nw ’(Gorilla,(Pan,Homo));’ | nw_display -w 60 -
详细用法请参考说明书。
