一、三体文明再次入侵，人类再次陷入危机
掌控引力波宇宙广播系统的最高控制权的人，被称为执剑人，从威慑纪元开始，就一直由罗辑掌控，因此让三体世界半个世纪都不敢轻举妄动。长时间的和平，人类又开始了自大和傲慢，认为自身科技的发展已超过三体世界，三体文明已不足为虑。并觉得罗辑年纪大了，会有失控风险，主张重新选择执剑人。
程心，一个由危机纪元冬眠而来的女孩，最终被选举为新的执剑人。选择她的原因有两点：一是因为她足够仁爱，这是人类所向往的情感。二是智子刻意引导的结果。
当控制器由罗辑交接到程心手中，不过十几分钟，三体世界正式发难，利用潜藏的水滴，摧毁所有地球的发射站，使地球失去向宇宙广播的能力。其间，虽然程心本可以选择同归于尽来威胁三体世界，但她的仁爱使她放弃了这样做，最终错失了时机，让智子成功摧毁了所有的发射站。
至此，威慑纪元终结，人类再也威胁不到三体文明，人类文明再次陷入危机。
随着威慑的消失，三体文明又派遣了新的舰队前往地球，并通过智子，将全部人类集中到澳大利亚。企图圈养人类，通过这样的方式，让人类自相残杀，减少人类数量。全人类陷入无尽的绝望。
二、万有引力广播三体世界坐标，人类重获生机
在遥远的星空中，危机纪元当时的那场水滴毁灭太空舰队的战役中，曾经有一艘“蓝色空间”号，逃离了战场，并进行远航，想要保留人类最后的种子。
后来随着威慑纪元的开启，他们被视为逃兵，地球派出“万有引力”号，去追击，想要将其追拿回地球，被法律审判。三体文明，也派出了2个水滴，协助“万有引力号”完成任务，但实际目的是摧毁“蓝色星空”和“万有引力”两艘漏网之鱼。
恰巧，他们进入了智子盲区，让三体文明失去了对水滴的控制，同时两艘飞船的人，又得知了地球新的危机，两个飞船的人遂组成新的联盟，携手远离地球，探索宇宙，寻找新的生机。
不过，万有引力号的人，也为地球做了最后一次贡献。因为这艘飞船本身也是一个引力波宇宙广播系统（这也是智子为什么想摧毁它的原因），它向宇宙广播了三体世界的坐标。这样的举动基本就是为三体世界判了死刑，地球也会受此牵连，因为两者距离太近，且曾经有过通信。
三体世界，自然也收到了这个广播，于是他们彻底放弃地球及自己的星球，组织一切力量，向宇宙逃离，因为他们知道更高级的文明，马上就要来毁灭他们的世界。
至此，人类眼前的危机暂时解触，重新获得了喘息的机会。
三、更高等文明的打击即将到来，人类危机依旧存在
三体文明放弃地球后，人类恢复了往日的生活，但所有人都清楚，三体世界被毁后，地球也会在不远的将来遭受毁灭打击，因此，都在思考如何解决这个新的问题。
在一次罗辑和智子的谈话中，得知了可以向高等文明广播宇宙安全声明，进而避免被打击的结论，但如何发送这样的消息，三体世界却不肯告知。
后来云天明的消息，让人类又看到了新的希望。当年的阶梯计划，就是把云天明的大脑送上太空。如今云天明已经深入到三体文明的内部，并承担了重要的角色。在三体文明即将和地球文明彻底断开联系的时候，他提出了想和心爱的女孩——程心，做最后的告别。告别的见面中，因三体文明的限制，他不得不通过精心编导的三个童话故事，向心爱的女孩，向人类，传达了重要的信息，为人类留下的珍贵的情报。
经过长期的努力，最终人们从云天明的童话中解读出重要的信息：
- 通过空间曲率驱动，可以实现光速航行，这也是三体飞船可以光速航行的秘密。
- 将太阳系附近的真空光速，减少至16.7km/s以下，就证明光无法逃脱太阳引力，意味着太阳系与世隔绝，所有人都无法出去，这就是宇宙安全声明。
- （这条未被解读出来，是在最后大毁灭时，才想通的）通过一定数量的装载空间曲率驱动引擎的飞船，飞离太阳系，那么就可以实现降低太阳周围真空光速的目的。这样可以让想离开的人，乘坐飞船离开太阳系，想留下的人，永久的留在太阳系，太阳系彻底变成一个囚笼，进不去出不来，整个地球就彻底安全了。
通过解读出来的前两条线索，第2点，人们始终无法达到。第1点，因为发现空间曲率驱动后，会在恒星周围留下特别清晰且永久存在的痕迹，相当于在黑暗森林中，点了一盏明灯，因担心这样会导致打击的提前，人类禁止研究空间曲率驱动技术。
最终，人类决定实施掩体计划：通过计算得出，如果地球遭受和三体世界一样的打击，那么太阳系的四颗巨行星：木星、土星、天王星和海王星，在黑暗森林打击后将保持完好。因此，主张在这些行星的背部，建立太空城，以行星作为掩体，抵御未来的打击。
四、意料之外的二向箔打击，人类终难逃灭亡命运
随着太空城的逐步建立，人类已经实现了掩体计划。这时，外星文明的打击也如期而至。
这一刻，所有人类彻底绝望。人类预料到了开始，但是却没预料到结局。这次的打击不是点状攻击，而是二向箔打击：即将整个太阳系由三维将至二维，所有三维物体，无论是星球还是人类，全部会被毁灭。
最终时刻，所有人不得不面对现实，几百年的努力，全部都成为泡沫，这种远超人类文明的打击，避无可避。最终，太阳系毁灭，地球毁灭，全人类灭绝。
五、残存的人类种子，带着希望远航
从得知外星文明，到最终毁灭，人类只保留了三队幸存者。
- 危机纪元，提前驾驶“自然选择”号逃亡的章北海，组建的新人类。
- 危机纪元，战争中逃过一劫的蓝色空间号，及后续追捕它们的万有引力号的成员。
- 最终毁灭时，依靠罗辑赠与的空间曲率驱动飞船，逃离毁灭的程心与AA。
他们各自带着人类的希望，在宇宙中航行，寻找新的栖息地。
六、宇宙的终点：塌缩，大爆炸，死神永生
在幸存者的航行中，程心与蓝色空间号的关一帆，在她的星星DX3906相遇。后来他们遭遇了死线，穿越了时间，转瞬度过了170亿年。
二人随后，在云天明赠与的独立宇宙中，过上了幸福的生活，试图等到大宇宙的毁灭后，去毁灭后的田园时代，再续人类文明。
最终，大宇宙毁灭到来，但一个最终的消息也随之而来。高等文明广播称：要求所有独立宇宙空间，归还从大宇宙带走的所有物质，无论是物体还是人，这些都是大宇宙的物质。因为大宇宙是物质守恒的，宇宙塌缩需要全部物质的能量，缺少能量，那么宇宙将彻底陷入无尽的死亡。
因此，二人自愿归还了包括自己在内的所有物质，脱离小宇宙，回归大宇宙。
死亡是一切的终点，唯有死神方能永生。
