（十）、分析流程及软件列表

有参转录组：针对有参考基因组序列的物种进行 mRNA 的分析。

无参转录组：针对尚无参考基因组序列发布的物种进行 mRNA 的分析。

DGE：数字基因表达谱。需要提供参考基因组/组装转录组序列，分析内容较转录组少，主要进行差异分析及富集分析。

small RNA：对长度在 18-40bp 的短 RNA 进行序列、结构、表达、功能上的分析，主要进行 miRNA，siRNA，piRNA 几种类型 sRNA 的分析；可与 mRNA 关联分析。

lncRNA：对长度大于 200bp 的非编码 RNA 进行鉴定、表达、功能等上的分析，可与 mRNA 关联分析。

dRNA-seq：differencial RNA sequencing，其在实验时采用了 5’单磷酸依赖的外切酶, 可以特异性地降解加工过的转录本, 从而使初始转录本得到富集, 已被广泛应用到原核生物转录起始位点、小的调控RNA、启动子及操纵子等研究中。

有参转录组分析流程

无参转录组分析流程