免疫系统的职能是识别身体的敌人并摧毁它们。这些敌人包括有缺陷的身体细胞，也包括外来因子，如细菌和病毒。外来侵犯者进入身体的主要“大门”是纳入食物的消化道和吸入空气的肺。
在消化道内，有一个与肠道相关的免疫系统。正常情况下，它只允许完全消化后的食物分子，比如氨基酸、脂肪酸和单糖，不受阻碍地通过肠道壁进入体内。如果没有完全消化的分子进入，则会引发免疫反应和最终的过敏症，特别是当大的食物分子进入体液之后。鼻腔则会帮助阻止不受欢迎的物质进入肺部。在呼吸道和消化道中，健康、强壮的黏膜是防卫侵略者的第一道防线。
在体内，免疫系统拥有一个对付侵略者的特别的细胞军团，这些防卫者的功能和负责区域各不相同。有些细胞在血液中执行任务，时刻警惕着侵略者，并且随时准备召集其他可以摧毁特定侵略者的军队。血液中的免疫细胞统称为白细胞，它们分别是B细胞、T细胞和巨噬细胞。
B细胞，或称B淋巴细胞，是能够针对每一种特殊的侵略者或抗原而产生抗体的细胞。当一个B细胞与一种抗原接触的时候，它就会变大，同时分裂成几个细胞，这些分裂出来的细胞可以分泌出特定的抗体，紧紧锁住入侵者。抗体并不能摧毁细菌和病毒，但是会使这些侵略者寸步难行。它们阻止细菌生成毒素，也阻止病毒进入人体细胞。因为病毒只有在进入人体细胞内，并控制了细胞的指挥中心，对它进行重新编程，才能生成更多的病毒。对病毒来说，抗体可真是它的死对头。此外，抗体还能招来其他更为英勇善战的免疫军团成员，例如T细胞。
免疫系统充分训练了各种专业的细胞。例如骨髓干细胞生成B淋巴细胞或T淋巴细胞，它们在体内不断进行循环，尤其在淋巴当中活动更为活跃，使你免受侵略者的攻击。这些侵略者可能是一种病毒或是一种你过敏的食物，甚至会是一种作乱的癌细胞。
T细胞，也叫做T淋巴细胞，是由胸腔顶部的胸腺分泌的。T细胞共分为三个类别：辅助T淋巴细胞、抑制T淋巴细胞和NK细胞（自然杀伤细胞）。NK细胞可以产生毒素，这些毒素可以摧毁侵略者。辅助T淋巴细胞有助于活化B细胞，令其对抗原产生反应；而一旦战斗胜利之后，抑制T淋巴细胞就会“关掉”这个反应过程。通常，辅助T淋巴细胞的数量大约是抑制T淋巴细胞的两倍。患上艾滋病之后，HIV病毒有选择地破坏辅助T淋巴细胞，导致抑制T淋巴细胞过多，抑制了免疫系统的活性，使得病人非常容易受到其他病原菌的感染。
巨噬细胞能完整地吞噬并消化那些已经被B细胞和T细胞识别出来的侵略者，从而彻底结束战争。这种行动被称为吞噬作用。在血液中起作用的吞噬细胞称为单核细胞，而那些在其他组织中起作用的吞噬细胞被称为巨噬细胞。
不论何时，人体内总有一小部分免疫细胞在巡逻。它们当中大多数的寿命都很短，如T细胞大约只能存活4天。识别出一个侵略者之后，新的军队就在骨髓和胸腺中生成，并运输到堡垒中，比如淋巴结、扁桃体、阑尾、脾脏和消化道中的派伊尔氏结（Peyer's patches)，即肠道集合淋巴结，其中聚集了淋巴细胞，与消化道的免疫功能有关。
淋巴管中的淋巴细胞进入这些堡垒中，也把需要摧毁的侵略者带进去。这就是为什么淋巴结在感染的时候会发炎的原因，比如颈部、腋窝和腹股沟，都是淋巴结聚集的地方。这意味着它们正在履行职责。因为淋巴系统没有运输动力，所以淋巴液随着肌肉的运动而流动，因此锻炼身体对淋巴循环相当重要。
