因为朱棣发动“靖难之役”是打着“奉行天讨”的旗号，所以在造反一开始就干了一件不同于历代皇位争夺者所做的事，他建立起一套严密的割据政权体系，任命了自己的一些心腹干将和投靠他的人为领导成员。后宣布革除建文年号，把建文元年改称洪武三十二年，把已经死去的朱元璋从阴曹地府里拉出来再“执政”了四年。

从此以后，朱棣一脉的明朝皇帝彻底把建文年号从官方记录中抹去了，直到万历执政时期才得以恢复，那么作为朱棣子孙的万历皇帝为何会办这样的“好事”呢？

明隆庆六年（1572年）七月，登基才一个多月的万历皇帝发布诏书，公开褒扬建文朝忠臣节士的忠义，要求各地官员查清建文忠臣的出生地，为他们建造忠节祠以示旌表。不久，御史屠方叔等人奏请万历帝，要求对建文忠臣的家属与后代实行“推恩”政策，即让建文忠臣的子孙后代享受祖上的“福荫”，以此来“大慰忠灵，以培圣代纲常”。很快万历帝就批准了，并在各地予以实施。

万历二年十月的一天，十二岁的万历皇帝到文华殿讲读（古代对皇帝读书的温婉说法），其间，他与老师张居正堂而皇之地讨论起建文皇帝之事，这也是朱棣之后明朝皇帝首次公开正面谈及建文帝生死出亡问题。

万历帝问：“听人说我们皇家祖上的那位建文帝当初是逃走的，到底有没有这回事？”内阁首辅张居正回答说：“我朝国史《明实录》中没有记载这件事情，只是先朝故老相传有着这个说法。他们说，当‘靖难之师’进入京师南京时，建文皇帝削发为僧，从密道逃出，后来就云游四方，无人知晓了。”、“正统年间发现一个在云南的寺庙题写“流落江湖数十秋”的老和尚，皇宫里便组织辨认，发现老和尚确实是建文帝，这时他已经七八十岁了，‘后莫知其所终’”。

万历听到这里，感到若有所失。

少年万历对建文之事兴致勃勃，但张居正讲了官史记载的这些事后，别的就不愿意多说了，而是采用忆苦思甜的方式来教育万历帝，转移其视线。由于张居正的不提倡，万历初年明朝官方对建文那段历史保持着很大的拘谨。

到了张居正死后的万历十三年，这一切就改变了。《明实录》记载：万历十三年三月壬辰日“释革除年坐忠臣方孝孺等谪庶者，浙江713人，江西371人，福建244人，四川41人，广东34人”。

三年后，大明国子监司业王祖嫡率先上奏给万历帝，提出了要为建文正名，恢复建文纪年和补写建文朝历史等建议。

王祖嫡认为建文纪年不可泯灭有五大理由：

第一，自古无道之君，天人共弃，但小臣只听说有改朝换代，没听说能革除其纪年的。朱棣举兵“靖难”，明明不是复仇，哪来将海内外都奉为正朔的建文给革除了呢？

第二，靖难功臣当年十分起劲，不断构陷建文之过，无非是为了表明他们自身的功劳，这本身就不是朱棣的原来想法。朱棣延续洪武纪年是受到奸臣的蛊惑。

第三，有人说永乐帝安定国家，功劳大到了等同再造帝国，但大明天下是太祖的天下，太祖看待成祖，就同看待建文，后两者都是太祖的子孙哟。表现成祖的功劳，与如实记载建文史迹并不矛盾。

第四，历史上往往有这样的情况：国史、野史同时存在，人们往往相信野史而怀疑有所避讳的国史，而民间那么多书写建文朝历史的，谬误百出，国朝有这一段缺失的历史，这难道是小事吗？

第五，当年要革除建文年号的人无非想要后人不再知道有建文这档子事，但真的能以洪武虚年来代替建文的实际存在吗？与其这样，不如如实撰写建文历史。

王祖嫡的这篇上书“喊”出了当时朝野上下成千上万正直之人的心声：恢复建文纪年和建文帝号、补修建文朝历史。

万历帝接到这份奏疏后什么反应呢？他“疏下礼部”，即让礼部官员讨论。大约一个月后，大学士申时行上奏说，礼部不敢擅自做主，还得让皇上召集大臣集体讨论。

万历帝尽管在刚登基时表露出对建文之事的拨乱反正，但那时他只有10岁，随着年龄增长，也“稳重”了些，作为朱棣的子孙，若全面为祖宗的政敌正名，那将意味着什么？王祖嫡上奏那年，万历帝26岁，见识增长了不少，当申时行把球踢回来时，他当场批示：等一等再说吧。

这一等就是七年，知道万历二十三年，有个叫杨天民的礼科给事中给万历上书，再次请求改正革除建文年号，而后又有一批人上奏表示附议赞同，这一次万历帝有些让步了，他下“诏以建文事迹附太祖高皇帝之末，而存其年号”，就是说正式恢复建文纪年年号，但是同时要求编写国史时，将建文朝事迹附在朱元璋之后，而没答应给建文帝单独立个本纪。

随后的万历三十年、三十七年，都有人给万历上书请求恢复建文正朔，但最终不了了之。建文帝的庙号直到南明皇帝手里才解决，“弘光初，追尊惠宗让皇帝，入太庙，复其年”。至于建文谥号的敲定，到了清朝乾隆元年才定下来。

时隔200年，建文帝也只等来了一个名号。