纵观人民币跨境支付清算七年的发展，在整体规模和内容结构上都发生了巨大的变化。但在发展变化的同时，我们也看到存在着一些问题。

（1）高度依赖其他系统，清算效率低

前面提到的三种人民币跨境清算模式有一个共同点，那就是三种模式都是以CNAPS为媒介开展，高度依赖SWIFT系统。首先，由于CNAPS运行时间是为满足国内银行间人民币支付清算的需求而设置，对于有较大时差的国家和地区，根本没有充足的时间来处[1]理跨境人民币清算业务，这就导致这些国家和地区跨境人民币支付清算业务延迟。其次，CNAPS在处理海外跨境人民币支付业务必须依赖SWIFT系统传递报文，虽然SWIFT是总部位于布鲁塞尔的私营金融中介服务机构，但SWIFT控制权真正掌握在G10国家的中央银行手中，其他国家参与者都只是SWIFT的使用者，没有任何话语权。因此SWIFT容易被西方国家政治行为左右。在2013年的乌克兰危机中，西方一些国家就声称要利用SWIFT系统来制裁俄罗斯，将其排除在SWIFT系统之外。中国在SWIFT中没有话语权，而且对数据没有监督权和处置权，将来一旦爆发金融危机或进行货币战争，将处于非常不利的境地。再次，目前人民币跨境支付清算系统所采用的常用模式无一例外都必须依靠SWIFT报文系统传递跨境清算信息。但是目前的SWIFT系统无法采用中文报文，更为关键的是，系统中一些字段与大额支付系统报文不兼容；另外，SWIFT系统现有的报文规则没有对人民币跨境支付的路径做完整的规定，因此与国际清算系统接口无法达到完全匹配。还有，由于CNAPS尚未与境内外币支付系统、证券清算系统实现完全对接，难以实现跨境清算时，人民币和外币同步支付结算和人民币证券券款兑付结算，这就导致部分人民币跨境支付和清算业务不能够实时跨境结算的问题。鉴于CNAPS存在以上问题，在跨境人民币支付结算中很容易出现差错，从而降低了跨境支付结算的效率。

3.2.2统计监测难度大

在我国的经济的不断发展的经济前提下，我国的人民币正在一步步的向国际走去，特别是人民币加入特别提款权（SDR）货币篮子后，我国金融机构在开展跨境人民币支付清算业务时，将面临一个更加复杂多变的国际金融市场，该市场自由化程度更高，业务竞争更加激烈，存在很大的潜在金融风险。面对复杂多变的国际金融市场，我国金融机构要搞好跨境人民币支付结算业务，必须全面掌握全球人民币资产负债变化情况，这就要对跨境人民币结算业务进行精确统计，及时掌控全球金融市场人民币头寸，防范和化解金融风险。现有的跨境人民币支付清算系统使用SWIFT进行报文转换后，中国监管机构很难对人民币支付数据进行监测。

3.2.3金融机构缺乏国际金融管理经验

2009年，我国开始跨境人民币支付结算业务试点工作，之后，业务规模不断扩大，使用范围由贸易结算逐步扩展到直接投资、证券投资、离岸存款、境外信贷、外汇储备等领域, 并取得了令人欣喜的成果。但我国商业银行在经办跨境人民币支付清算方面也存在很多问题：一是除了几大国有商业银行外，大部分地方性商业银行没有海外机构，无法办理跨境人民币支付结算业务；[2]二是国际金融经营管理人才普遍缺乏，我国地方性商业银行在自我市场定位、境内外市场开发以及策划、营销方面都与境外金融机构存在很大差距，需要尽快提高国际金融业务经营管理能力。随着我国对外开放的程度越来越大，商业银行在开展人民币跨境支付结算业务时，需要面对的是一个自由化程度高、竞争激烈、复杂多变的国际金融市场，这就要求境内商业银行对市场具有一定的预见性，能够对可能的金融风险提供较好的风险评估和面对风险时，能够建立完善的风险内控制度；还需要从全球化的角度对自身的资产进行合理配置和风险把控。三是缺乏以市场需求为基础的产品创新能力，随着人民币国际化步伐的不断加快，境外金融市场对人民币产品的需求也日益迫切，但是我国在金融领域的开放程度还处于初期阶段，境内商业银行受人民币跨境相关政策的制约，推出的跨境人民币产品从形式、内容上比较雷同，不能满足国际市场多元化的需求。

3.2.4有效的市场化汇率和利率决定机制尚未形成

我国的资本市场的发展已经有25的历史，但是与中国开放性的经济相比，我国的资本市场还是相对比较封闭。对人民币跨境支付清算影响最大的，就是我国虽然有了自己的清算体系，但是到目前为止，还没有形成以有效的市场为基础的汇率和利率决策机制和人民币流入流出的双向流动机制。在现阶段，人民币跨境支付清算要继续发展，就要求政府放宽资本管制，人民币实现完全可兑换。根据蒙代尔 - 弗莱明模型的结论，开放经济的实施时，不能在同一时间可以实现资本的国家自由流动，固定汇率和独立的货币政策，这两者才能实现，即所谓的“三难选择”。对于中国这样一个大国，我们必须保持货币政策的独立性，而人民币的双向流动机制和资本自由流动的要求，因此要求人民币国际化的发展必须是浮动汇率制度。 2010年中国实行汇率改革，人民币汇率不再盯住单一美元，而是一篮子货币作为确定人民币汇率的浮动汇率制度管理的基础。然而，据学者考证，中国人民银行在确定人民币汇率的时候主要是参照美元的汇率，而不是一篮子货币。

此外根据利率平价理论，国际金融理论，两国之间的利率差异也对汇价影响的原因。目前，中国的主要利率都受到了一定程度的控制，利率不能真实反映国内资本市场的供给和需求，从而带动了国内金融市场的产品价格扭曲。香港的利率和内地比较，前者以市场为导向，由市场供求决定存款利率，而后者则以金融宏观政策决定，并且比前者高出许多。因此，两者之间的价差出现，导致不少香港银行的人民币存款都转存在大陆，这不利于离岸人民币的良性的回流，而且给中国大陆的货币政策也带来了不小的冲击。