今天给大家简单介绍一下最近的新兴的small RNA——tsRNA(tRF&tiRNA)。
tsRNA由 tRNA 或者 tRNA 前体(pre-tRNA)在特殊位点切割产生,不是 tRNA 随机降解的产物,而是受精确调控所产生的非编码小 RNA。此分子比较新,据说后续的研究也比较好进行。
1.tsRNA为什么会比较新呢?
1)因为tRNA上的修饰,它也有,而且酶切的末端有些不是平末端,影响测序建库与逆转录等。但现在康成生物解决了这些问题,如有专门的去修饰处理以及Arraystar small RNA芯片来检测tsRNA。
2)能精确检测这个分子的公司基本没有几个,这个是康成生物最先推出的,检测的少,做的人相对lncRNA、circRNA来说也比较少了。
2.tsRNA比较新,有功能吗?会不会不太好研究呢?
1)tsRNA首先也是国际上有高分文章报道有功能作用的,不是垃圾片段的;目前已陆续有一些研究文章被报道;也有一些老师从该分子入手,已申请到了课题的。
2)tsRNA的功能与研究方向:
a、在体液中广泛存在且表达不低,有疾病、时序特异性,可做标志物研究。
b、发挥类似miRNA功能,靶向mRNA,影响mRNA的表达。
c、tsRNA结合蛋白影响mRNA的表达。
3)据了解湘雅医院的好几个教授课题组都已经发表了tsRNA相关的文章了。其中湘雅医院的申宏教授课题组发表的tRF3008A suppresses the progressionand metastasis of colorectal cancerby destabilizing FOXK1 in an AGO-dependentmanner.2022Journal of Experimental & Clinical Cancer Research.影响因子11.161,该文章研究了tRF-3008A在结直肠癌中表达降低,多因素分析证实了tRF-3008A分子可以做CRC的独立的预后生物标志物。tRF-3008A与AGO蛋白结合,诱导FOXK1 mRNA的失稳,从而阻断结直肠癌细胞中Wnt信号和EMT的激活。模型图见下图:
3.怎么去筛选检测tsRNA呢?
1)目前了解到的高通量检测tsRNA平台有:
平台1:tsRNA测序(可以检测tsRNA与miRNA),康成生物是用专门的预处理试剂盒处理,去除修饰的影响,并增加接头修复末端。比普通的small RNA测序更全面更准确的检出tsRNA。
平台2:Arraystar small RNA芯片(可以检测tsRNA、tRNA、miRNA、pre-RNA、snoRNA),是设计序列特异性探针,根据序列设计探针是发夹探针,直接cDNA互补配对即可检测,没有建库的误差,检测更精准更灵敏,检出更高。
2)tsRNA的验证:
方法一:用验证miRNA的茎环法,进行验证,该方法没有去除修饰与末端修复,验证检出率会较低,但只要能验证出来就可以的。可以购买一个预处理试剂盒,去除大部分修饰,增加验证检出率。
方法二:用预处理试剂盒处理,用加接头法进行验证。这个现成的试剂盒好像是专利产品,能购买该试剂的公司好像只有一家。
方法三:与实验服务公司进行合作,提供样本与目的分子,找公司进行验证。🤣
ps:今天的介绍就这些啦,如果有兴趣的话,可以留言沟通哈~
文献:
1.David J. Erle. Cell Report. 2018.
2.pasnasharmascience 2016.
3.YunfangZhang et al. Journal of Molecular Cell Biology ,2014.
4.YingHan et al. Journal of Experimental & Clinical Cancer Research. 2022.
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