八月二十八日董卓进入洛阳，两天时间内，董卓相继收编何进、何苗旧部和吕布、张辽代表的并州军团等军队实际控制洛阳，在同月三十日，刚入立足不稳的董卓“石破天惊”提出动摇国本之举——废立皇帝，废掉现任皇帝刘辩，改立先帝幼子陈留王刘协为皇帝。
史书记载，董卓废立皇帝明面上的理由是陈留王刘协天资聪明，一看就注定是个好皇帝，为了让天下百姓早日迎来盛世，他董卓主动代表人民群众的利益废掉昏君刘辩，拥立明君刘协为新皇帝。
董卓说刘协天资聪明是有依据的。在八月二十八日，董卓和回返洛阳的刘辩君臣一行在北邙山相遇，面对董卓问询事变经过，汉少帝刘辩这个可怜的孩子，还处在惊恐中根本无法做到正常交流，语无伦次话都说不出来。失望之余，董卓转而向在旁的皇弟刘协询问事变经过，结果九岁的刘协对答如流，思维逻辑缜密清楚无所遗漏。
不过，除了刘协比刘辩聪明这个相理由或借口。董卓“废立”其实还有一个更为“合理”的理由——汉少帝刘辩皇位的“合法性”是存在问题的。
提刘辩皇位的“合法性”问题，必须提到“昏君”汉灵帝的骚操作。
汉灵帝喜欢幼子刘协，有意“废嫡立庶”,放着名正言顺的嫡长子刘辩不立为太子而是想立庶子刘协为太子是朝野皆知的公开的秘密，只是以何氏外戚联合的朝中大臣组成的反对力量太大，汉灵帝也不得不退让，至死汉灵帝也无法如愿把爱子刘协立为太子。但是，汉灵帝临终前召见心腹太监，手握军权的上军校尉蹇硕。汉灵帝临终前和蹇硕谈的究竟是什么，已经无从得知，不过，汉灵帝在交待完蹇硕后就驾崩了，事后蹇硕却密谋在宫中策划政变诱杀大将军何进，蹇硕谋诛何进事泄后被反杀。
汉灵帝晚年有意立刘协为太子，临死前汉灵帝和蹇硕说过话，汉灵帝死后蹇硕策划发动政变诛杀大将军何进。这一连串事情连在一起，不得不让洛阳满城风雨，议论纷纷，谣言满天飞：先帝临终前把立皇子刘协为太子一事托付给心腹太监蹇硕去办。
笔者在《富尚品三国：18 灵帝朝的立储之争》中分析，汉灵帝临终前强立刘协为太子的可能性不大，汉灵帝临终前嘱咐心腹蹇硕照顾保护好自己的爱子刘协有可能，但在自己死后还指望权力完全是依附自己的蹇硕把立刘协为太子一事办妥，未免也太看得起“蹇硕”。让蹇硕扶立刘协为太子继承自己的江山，和嘱咐蹇硕照顾保护刘协是两回事。
不过，汉灵帝究竟和蹇硕说的是什么也不重要，1700多年前洛阳城的人怎么造谣传谣也不重要。
支持刘辩做皇帝的实力更强，于是汉灵帝驾崩后，少帝刘辩登上皇位，支持立刘协的上军校尉蹇硕，董太后，骠骑将军董重等“董候党”都一个个横死。
已实际控制洛阳的董卓，有意废掉少帝刘辩。先帝生前属意由刘协继位的传言，是董卓进行废立的一张很有利用价值的牌，当董卓把这件旧事翻起来时，多少是有法理依据。董卓声称自己是尊奉先帝遗旨，立陈留王刘协登基，更为名正言顺。不过，历代史官、士人出于“丑化”董卓的一致目的，故意避而不谈一点——董卓废立多少是有汉灵帝给他提供的法理依据。
董卓废立皇帝的真正原因当然不是因为两度抗拒汉灵帝圣旨的他对先帝忠心耿耿，也不是因为刘辩无能，刘协聪明所以“废昏立明”，他董卓是为了给大汉朝，大汉人民选一个明君。
董卓废立皇帝是在“立威”。董卓废立皇帝，是他震慑朝臣，树立个人权威的一个好办法（虽然后患不少），后来的东晋权臣桓温因为第三次北伐中原被前燕大将慕容垂大败于枋头威望受挫，也是选择废立皇帝来重新立威。
董卓废立皇帝也有现实权力考虑。
汉少帝其实是不好控制的。
从史书记载，我们可以相信陈留王刘协比少帝刘辩表现得确实更机灵，更聪明。可皇帝好不好控制不是取决于两个小孩子谁更聪明。
董卓入京时，刘辩14岁，刘协只有九岁。14岁这个年龄说小是小，但也不算太小，汉少帝之前的汉和帝就是14岁亲政的，至少一个14岁的皇帝，他亲口说出的圣旨，亲笔写出圣旨，谁也不敢说皇帝年幼无知从而否认它的合法性，尤其是反对董卓专权的众多朝堂重臣，军政要员，清流名士都愿意异口同声承认汉少帝颁下的圣旨的合法时，抬出皇帝亲政压制董卓，董卓想做到“挟天子以令天下”就比较难。
刘辩后面还有一个临朝称制的何太后。
有了士大夫杀入皇宫团灭宦官的教训，宦官政治刘辩和何太后未必再敢逆势重建，但“刘辩+何太后”的格局延续下去，是可以重建新的依附皇权的外戚集团，何氏外戚虽随着何进、何苗的遇害而衰退，但不代表何家没别的人，至少史书记载何进是有成年儿子的，何太后也可能提携其他何姓族人入朝为官。
且皇帝刘辩14岁是到了该选立皇后的年纪，皇后一立新的外戚集团自然会出现，而且由于皇帝刘辩的权力虚弱，新皇后选自世家大族以拱卫皇室的可能性非常大从而出现一个强势外戚集团，皇帝，太后+两个外戚集团足以对董卓控制朝廷造成障碍。
所以，董卓不止废帝，还废后，将董太后的暴死罪名扣在儿媳何太后的头上，把何太后的太后名分也给废了，断了太后、外戚给他全盘掌控朝政造成障碍。
反之九岁的陈留王刘协比之汉少帝刘辩更容易控制。
刘协真的是孤家寡人一个。支持他的董太后死了，骠骑将军董重死了，大太监上军校尉蹇硕死了，完全没有了支持他的小集团。
而九岁的皇帝拿到哪里说，也是标准的未成年，未到立皇后的年纪。董卓也完全可以高唱大道理：当今皇上再怎么聪颖，也只有九岁，一个九岁的孩子，哪能亲政，把大汉江山交到一个九岁孩童手里，这是对天下人不负责任，对江山社稷，对大汉历代先帝不负责任，皇上还是努力学习朝政积累经验，这大汉朝政还是让老夫勉为其难代皇上处理几年吧。
两汉近四百年的统治。刘汉皇室的神圣性深入人心，当时人心大部分还是认可刘汉皇室的，士大夫围绕皇权的建立中央权威秩序也未完全崩解，虚弱的汉家皇权不是没有重振的可能。“刘辩+何太后”的格局延续下去，比九岁的刘协登基对董卓掌控朝政更为危险。
董卓立刘协还有一个小小原因，因为抚养刘协长大的董太后和董卓同姓，董卓还冒充起外戚，和董太后攀亲，让自己“镀”一层外戚的金，套个“外戚”的光环，在东汉外戚专权早有先例，让董卓成为东汉帝国首席执政官稍微看着更名正言顺些。不过，董太后是冀州河间国人，董卓是凉州陇西郡临洮县人，“董卓自以与太后同族”，董卓这个亲戚攀得真够远的！
董卓的故主太傅袁隗也是董卓控制朝廷的重要障碍，后世包括今天，很多人总是很容易忽略或低估袁隗的分量，袁隗的影响力与实力绝对不弱。
袁隗是太傅兼录尚书事。太傅是位在三公之上的上公。“录尚书事”不属于朝廷官职而是朝廷重臣的职权，由皇帝授予大将军、太傅或三公等重臣兼任，东汉政归尚书台，重臣必须加“录尚书事”的头衔才可以参与国家大事的处理，没有“录尚书事”的头衔，就是“虽置三公，事归台阁。三公之职，备员而已”，董卓官升得再高不过就是和袁隗共录尚书事，何况，前面袁隗背后的“汝南袁氏”经营逾百年，已是“四世五公，门生故吏遍天下”，袁家势力盘根错节，非同小可。袁家的影响力我们从袁家的袁绍、袁术，凭借家族实力成为汉末实力派诸侯，曹操的劲敌而袁绍、袁术的成功还是建立在袁家在京城力量被董卓屠戮，袁绍、袁术兄弟分裂的基础上的，可见袁家势力之深。至少按正常时间线，董卓想迅速让袁隗靠边站，让袁隗沦为摆设，全盘掌握朝政，不主导废立是没那么快达成的。
更值得董卓担忧的是，洛阳势力盘根错节的士大夫也不服董卓。董卓虽凭军功做到前将军，斄乡侯，但他的军功威望在朝野只能说一般，远不足以震慑住洛阳云集的官僚士大夫,世家子弟，清流名士。洛阳的士大夫官僚也非常排斥歧视董卓这位跋扈武将。
更关键是，董卓不是一个人，董卓是带着部将进入洛阳的，董卓的部将与董卓的出身大都是大同小异，一群粗鄙武夫，突然进入帝国的权力中心，去抢夺士大夫的官场利益，士大夫们自然是“孰可忍孰不可忍”，太监挡了士大夫的路，士大夫就敢杀入皇宫，那武将挡了士大夫的路，势力盘根错节，从中央到地方都有人有钱有枪的士大夫就会甘心接受，想想都知道这是不可能的事，士大夫绝对会反击董卓，这是用脚趾头都能想明白的事。
董卓绝不是皇甫嵩，从他和汉灵帝的讨价还价就知道他是个野心勃勃的跋扈军人，他还要登得更高，一个三公的虚名可满足不了他的权欲。
董卓主导废立皇帝，意味帝国中央政府的权力秩序实际由董卓分配。董卓借“废立皇帝”树立了在朝廷的绝对权威，取得对中央政府的实际控制权。皇帝是天子，我董某人现在连天命都能修改，你们这群士大夫我更是能随意修理，不然我董某人让你们试试我的剑如何利。
