R语言可视化（九）：韦恩图绘制 - 简书 (jianshu.com)
R语言：VennDiagram绘制venn图 - 简书 (jianshu.com)

)AW19@`V{NG1R6KUU{@8YQF.png

library(data.table)


cell<-fread("cell.txt",data.table = F)
shangqing<-fread("shangqing.txt",data.table = F)


#############一、数据过滤

##############1.5
cell.fil <- cell[cell$`P-value`<0.05 & cell$`Fold Change`>1.5,]
shangqing.fil<-shangqing[shangqing$`P-value`<0.05 & shangqing$`Fold Change`>1.5,]


##############1.2
cell.fil <- cell[cell$`P-value`<0.05 & cell$`Fold Change`>1.2,]
shangqing.fil<-shangqing[shangqing$`P-value`<0.05 & shangqing$`Fold Change`>1.2,]





##############二、算p值
# 转化为列表数据类型
dat <- list(KPC.cells=cell.fil$Metabolite,KPC.supernatant=shangqing.fil$Metabolite)
n.bk <- length(unique(unlist(dat)))

#SuperExactTest
library(SuperExactTest)

##############
mset.res <- MSET(x = dat, # 定义的列表数据
                 n = 823, # n为背景群体数量，如基因总数，或这里的总的英文字母数26
                 lower.tail = FALSE) #lower.tail=FALSE表示计算上侧拖尾P值(统计量大于一个观察到的值概率)，即这里要计算的多个数据集重叠显著P值

p.value <- mset.res$p.value

# 打印pvalue
p.value





###########三、韦恩图
intersect <- intersect(cell.fil$Metabolite,shangqing.fil$Metabolite)
intersect

library(VennDiagram)

pdf(file="intersect.1.2.pdf",width = 10, height =8)

venn.plot <- venn.diagram(
  x = list(KPC.cells=cell.fil$Metabolite,KPC.supernatant=shangqing.fil$Metabolite),
  filename = NULL,
  
  # 圈
  lwd = 15,  # 圈线条粗细 1 2 3 4 5
  lty = 1,  # 线条类型, 1 实线, 2 虚线, blank 无线条
  fill = c("white", "white"),  # 填充色
  col = c("#de0f17", "#2529d8"),  # 线条色
  alpha = 0.75,

  
  # 数字 number
  cex = 4,  # 数字大小
  fontface = "bold",  # 加粗
  fontfamily = "sans",  # 字体
  label.col = "#00334e",
  
  
  # 标签 category
  cat.cex = 3,  # 字体大小
  cat.col = c("#de0f17", "#2529d8"),  # 字体色
  cat.fontface = "bold",  # 加粗
  cat.default.pos = "outer",  # 位置, outer 内 text 外
  cat.pos = c(0, 0),  # 位置，用圆的度数
  cat.dist = c(0.05, 0.05),  # 位置，离圆的距离
  cat.fontfamily = "sans"  # 字体
  #rotation = 1  # 1 2 3 旋转确定大打头数据集
);

grid.draw(venn.plot);
dev.off()


grid.newpage();


`````