琼脂糖凝胶电泳
琼脂糖配胶，1xTAE作为电泳液，DNAmarker条带作为参考系，DNA加loading buffer点胶；
- loading buffer的成分值得关注：
a). loading buffer中含有指示剂，指示剂类型有很多，一般包括：溴酚蓝，二甲苯氰FF，orange G等，由于它们含有颜色，且在电泳时和DNA相比迁移的速度较快，可以用于不同目的条带DNA跑胶时的指示剂，跑在DNA前面防止跑胶时间过长，DNA跑出胶外。
b). loading buffer中一般含有甘油等成分，用于沉淀DNA，防止DNA在迁移过程中跑出胶外。此外，在点样时也能看到，加了loading buffer的样品会迅速沉降于孔底部。SDS主要是促使聚合酶变性，因为没有除尽的聚合酶会结合在DNA双链上影响它的迁移速率 - 除了loading buffer，在DNA跑胶前或后，要记得加核酸染料，这个染料的作用是结合DNA,使得DNA在紫外灯下发出荧光，例如EB，最强的核酸染料。在制备琼脂糖胶时，需要加入EB，EB可以与DNA结合，在紫外灯下显示DNA位置，也就是你说的白色条带。它与DNA的结合几乎没有碱基序列特异性，在高离子强度的饱和溶液中，大约每2.5个碱基插入一个溴化乙锭分子。EB的这种特性使其成为一种核酸染料，常用于琼脂糖凝胶电泳中的核酸染色。溴化乙锭在紫外区302nm和366nm处有吸收峰，在紫外光的照射下，溴化乙锭可被激发出橙红色的荧光（590nm）。结合有DNA的溴化乙锭复合物的荧光强度要比没有结合DNA的染料高出20-30倍，因此溴化乙锭可检测到少至10ng的DNA条带，非常灵敏。
有些新型染料可以替代EB，可以用蓝光而不是紫外观察条带，这个时候看到的DNA条带其实是淡蓝色的，不是白色的。
以下是师兄前辈们总结的几种EB替代品：
Goldview ----宣称无毒,不灵敏,回收连接不好,荧光易猝灭
SYBR-green---- 不稳定，易降解
Gelred ---- 低毒,效果很强!但价格昂贵~~
Genefinder ---- 效果一般，以前怀疑它是sybr green，不过有人辟谣了，所以毒性未知
Genegreen ---- 天根的东西,还没有人用过,不是很了解
Goldview对于大片段DNA的染色效果还凑合，但是在对于500bp以下的片段效果不是很好，还有一个很致命的弱点是它的荧光基团在紫外灯下非常容易淬灭，一般5-10min条带就会消失。所以应该抓紧时间拍照后再观察。另外Goldview不适用于胶回收。
1）GoldView 其实就是AO (acridine orange). SIGMA都有售；灵敏度差，本底色严重，不利于回收，不稳定。毒性很大，尤其在紫外灯下其诱导突变能力极高。
2）SYBRgreen,SYBRgold 稳定性很差，毒性也很大，尤其在紫外灯下。有少许本底色。
3）GelRed/GelGreen,稳定、灵敏度高，几乎没有底色.更重要的是无毒.Gelred是biotium公司推出并不久的EB替代染料，其染色效果和EB差不多，在紫外下不容易淬灭，可以用于胶回收。其价格是1400rmb/0.5ml，对于大部分实验室还是有些奢侈。
哪个是EB的终结者，不用我说了。当然GelRed比较贵，GelGreen稍便宜些。可是绝对值得，再说我们也要对人家的技术成果给予支持呀。
附上GelRed的说明书：（可以在制胶时加Gelred也可以在跑完胶后加）
正面 (biodee.net)
