可视化dotPlotly工具，是利用Ｒ语言写的可视化Minimap2/mummer比对输出的结果文件。
安装
# 1 激活环境后输入R，进入R环境
# 2 指定安装包的来源（这些步骤都是用的百度到的
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))
# 3 R安装模块
install.packages("optparse", "plotly","ggplot2")
4 在Linux服务器终端从github上下载dotPlotly的两个R脚本
git clone https://github.com/piyixing/dotPlotly.git
5 根据参数进行运行脚本，先使用例子的paf文件也行
/public/home/fengting/task/5.12ragtag/7.22/out/test/dotPlotly/pafCoordsDotPlotly.R -i test.paf -o 1 -s -t -m 500 -q 500000 -k 7 -l
minimap2 生成paf文件命令，-ax 生成sam格式，-cx生成paf格式。
minimap2 -cx asm5 HHZ.fasta rice_MH63.fa > test.paf
参数说明:
Usage: pafCoordsDotPlotly.R -i alignments.coords -o out [options]
Options:
-i INPUT, --input=INPUT # 输入文件，minimap paf文件
coords file from mummer program 'show.coords' [default NULL]
-o OUTPUT, --output=OUTPUT #输出文件前缀
output filename prefix [default out]
-v, --verbose
Print out all parameter settings [default]
-q MIN-QUERY-LENGTH, --min-query-length=MIN-QUERY-LENGTH # 最短的查询序列长度，用于过滤
filter queries with total alignments less than cutoff X bp [default 4e+05]
-m MIN-ALIGNMENT-LENGTH, --min-alignment-length=MIN-ALIGNMENT-LENGTH #最短的比对长度
filter alignments less than cutoff X bp [default 10000]
-p PLOT-SIZE, --plot-size=PLOT-SIZE # 绘图图片大小
plot size X by X inches [default 15]
-l, --show-horizontal-lines # 显示水平线，默认关上，建议打开
turn on horizontal lines on plot for separating scaffolds [default FALSE]
-k NUMBER-REF-CHROMOSOMES, --number-ref-chromosomes=NUMBER-REF-CHROMOSOMES # 选择绘图时染色体数目，默认绘制所有序列
number of sorted reference chromosomes to keep [default all chromosmes]
-s, --identity # -s 不同比对一致性显示不同的颜色，默认关上，建议打开
turn on color alignments by % identity [default FALSE]
-t, --identity-on-target # 仅对目标对比时计算一致性，可以理解为比对很好时才会计算一致性，如果加上-s 参数，那就是只有比对很好的序列会显示颜色，其他都是黑白
turn on calculation of % identity for on-target alignments only [default FALSE]
-x, --interactive-plot-off #是否打开互动展示，默认开，建议关上，打开报错
turn off production of interactive plotly [default TRUE]
-r REFERENCE-IDS, --reference-ids=REFERENCE-IDS #要保留的引用id列表(以逗号分隔)
comma-separated list of reference IDs to keep [default NULL]
-h, --help
Show this help message and exit
经过安装dotPlotly，就得到了共线性图，会自动排序，调整正负方向，和mummer软件出来的图有所差别，更美观，同时也会损失正负链信息。
