一、简单了解conda
- Linux的应用商店
- 一键安装绝大多数生信软件
- 一般使用小而精的Miniconda
二、下载miniconda到服务器
- 百度搜索“miniconda 清华”
- 找到服务器对应的版本-输入命令uname -a
- 复制下载链接
- 在命令行中使用wget+复制链接
- 开始下载
下载miniconda
三、安装并配置miniconda
- 命令行输入bash+刚下载的miniconda文件名
- 按照提示输入yes以及回车
- 看到如下文字说明安装成功
安装成功
- 安装完毕要激活：source ~/.bashrc
- 添加镜像（注意要在miniconda的安装路径下输入）
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
四、使用miniconda安装软件
- conda list：查看所有已安装软件
- conda install fastqc -y：安装fastqc软件
- fastqc --help：出现软件的帮助文档说明安装成功
- conda remove fastqc -y：卸载fastqc软件
