今天的学习很顺利，感谢学校网络的保障，mark下linux环境下软件安装的几个重要的关键代码。
认识CONDA
软件下载器，MINICONDA=CONDA+Python+base packages，能满足日常生信使用。
将miniconda下载到服务器
- 登陆服务器，进入biosoft目录
cd ~/biosoft - wegt https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
wegt.png
如果无法进行下去，需要从这里重来：
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装miniconda
- 出现"Please, press ENTER to continue"：按Enter
- 安装过程会出现版权信息，按回车一直跳过（显示more一直回车）
- 出现“Do you accept the license terms? [yes|no]”：输yes，安装开始
- 出现“[/home/bio05/miniconda3] >>> ”：按Enter
-
安装成功
installing miniconda3.png
激活conda
命令行输入source ~/.bashrc
命令行输入conda，出现满屏信息，说明激活成功。
添加镜像
复制以下代码至命令行，粘贴，回车
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
添加镜像.png
使用conda
-
查看安装的软件列表
命令行输入conda list
conda list.png -
安装软件
命令行输入conda install fastqc -y
默认安装新版本，可以指定版本号，如fastqc=0.11.7
安装fastqc.png -
确认是否安装成功
命令行输入软件名称 --help，若出现软件的帮助文档，说明安装成功。
fastqc --help.png 卸载软件
命令行输入conda remove fastqc -y
理解conda environment
根据不同的项目，分别使用某一软件的某个版本
- 查看conda有哪些环境
命令行输入conda info --envs
前面带*表示当前默认的conda环境。 - 新建conda环境
如，建立一个叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic。
命令行输入conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y - 激活新的conda环境
命令行输入conda activate rna-seq，*转移到激活的conda环境下，此时输入软件，即可运行使用 - 退出当前conda环境
命令行输入conda deactivate
