1 安装Miniconda
#下载安装包
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh --no-check-certificate
#安装miniconda
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
注意:
1) 使用“Enter”查看license agreement;
2)查看完license agreement后,需要输入“yes”表示接受才能继续;
3) 需要确认安装路径,可以使用”Enter键”确认安装在根目录(建议不更改);
4)经过1-2分钟安装完成后,需要同意安装器是否初始化miniconda,需要输入“yes”同意后,miniconda的“PATH”才能加入到~/.bashrc 。
#让添加miniconda路径可执行
source ~/.bashrc
2 设置国内镜像
conda默认使用的国外镜像源速度相对较慢,通常为了正常运行,会使用清华的镜像。
如果不设置的话经常会出现这样的报错:CondaHTTPError: HTTP 000CONNECTION FAILED for url
#恢复conda的源为默认
conda config --remove-key channels
#添加国内镜像
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/linux-64
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/linux-64
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64
#显示channel地址
conda config --set show_channel_urls yes
#设置channel的优先级别为弹性的
conda config --set channel_priority flexible
命令执行完成后会形成:.condarc文件
#编辑.condarc文件
vim ~/.condarc
点击insert进入编辑模式
删除底部的-default,
点击esc,退出编辑模式,然后输入“:wq”退出
#查看源
conda config --show-sources
#清除索引缓存,保证使用的是镜像站提供的索引
conda clean -i
3 安装软件包
#测试一下
conda search packagename
如果能正常显示,应该可以正常安装,安装软件包的命令可以去下面这个网站查看:
https://anaconda.org/anaconda/repo
如果安装的时候出现问题,可以试试指定channel安装软件包:
conda install $package_name --channel http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64