前面的一节中，已经介绍完Vina分子对接中大分子的预处理过程；这一节中主要介绍小分子的对接前的预处理的步骤。所用到的预处理软件仍然是Autodocktools软件；
1 将已经准备的小分子配体的mol2格式文件放入默认文件夹，点击ligand-input-open；
2 在默认文件夹中点击小分子文件打开，在这个过程中自动加氢并且合并非极性氢；
3 查看小分子配体可旋转键的数目
4 该配体含有六个可旋转的键，点击Done即可；
5 点击output，将小分子文件转换成pdbqt格式；
8 已经设置后的小分子配体文件会自动保存在默认的文件夹中。
好了，以上就是Vina分子对接中小分子配体的预处理方案；有问题请下方留言或者关注木初。
