细胞交互的半套简配机制 -----就做的半套，不做全
间接机制
1.间接机制的研究主要聚焦于检测明星通路分子的磷酸化蛋白及总蛋白的表达情况，如蛋白 的磷酸化/总量比值，提示通路的活化或抑制的情况。 由于主变量与通路之间一定存在能够介导磷酸化过程的酶
2.主变量存在修饰作用的时候，是否存在省略做法？
1）举例：DNA甲基化，我们研究主变量发生变化的原因，上游找启动子区CpG岛甲基化检 测，通过启动子位点甲基化状态的变化，解释基因为什么被封印/解封印，那是否必须去找 上游介导甲基化/去甲基化途径的酶呢？可以检测（故事圆满）也可以不检测（类似间接机制）。
2）举例：组蛋白甲基化，也可以只检测组蛋白位点甲基化状态。
3）举例：RNA修饰，蛋白修饰。
3.主变量涉及的修饰形式，都可以是直接机制做一半（涉及分子修饰半套机制）
细胞交互的半套机制
1.从哪里来到哪里去的问题只研究一半
1）研究供体细胞的病理过程，说明病理过程会释放某个循环分子，这个分子作为疾病的 biomarker。
2）先提出发现一个分子，伴随疾病的发生，有特异性表达增高的现象（致病性因素），说 明这个分子作为biomarker，研究某一种受体细胞接受这个分子的信号之后，发生与疾病相 关的表型过程。
3）共同套路源头：先建立一个循环分子与疾病临床特征之间的相关性。 问题从临床来，然后细胞、动物、机制上研究。多用于临床样本多的疾病。
2.套路步骤——以疾病的biomarker为研究对象的课题套路
主变量依旧是循环分子，作为biomarker，需要符合临床意义的原则（主要应用：疾病诊 断、预后评价、治疗疗效等）
1）针对主变量的表达，临床相关性的统计分析
a.三表一图+ROC曲线 三表一图
（数据套餐：基线资料表、单因素分析表、多因素分析表、预后生存曲线图）
Cox回归分析 ROC曲线
b.数据来源——筛查二字决
2）确认交互细胞与交互形式
a.交互细胞——两种：供体细胞分泌主变量、受体细胞接受主变量调控机制 一般来说机制解释：先下后上；真实：分子功能特性决定研究做上还是做下。
故事开头主变量的临床意义先解释清楚，一个有诊断价值的biomarker分子，一定是效 应分子么？答案否定，它可以是一个表型伴随的产物，甚至是废物。
关注下游效应的受体细胞途径，适用于主变量是信号分子，作用是在细胞间传递信 号。当主变量没有特定的信号传递的功能下，解答上游如何释放环节的问题，成为优先考虑 的研究角度。——半套机制选择往上还是往下的选择规律。
总的来说，能下还是先下，不能下再往上溯源。
往上往下由信号分子决定，信号分子可上可下，半套必然做下；非信号分子不能往 下，只能做上。
基础研究范畴里，大部分故事的主变量是具有信号传导功能的，往下游找受体细胞机 制是半套研究里更加常见的。循环分子里存在特殊分子，代谢组学（尿液），重点放在谁分 泌他们（找上游）。
b.交互形式：供体细胞——主动分泌/破碎流出，受体细胞——膜上接受信号/信号分子吞 入。
3）验证主变量与表型关系
上游：验证表型的出现与主变量释放的关联
下游：主变量被受体细胞接受后，与表型获得之间的关联 操作细节：gain of function（受体细胞）一般做法是载体或病毒过表达，细胞交互课题可 直接将循环分子加入培养上清策略，两种策略都要做double check，增加说服力
上游与下游的区别在于表型与分子之间的因果关系颠倒
上游：表型出现与分子在培养上清中表达变化之间关系，建立模型手段诱导细胞，然后 去检测上清液中释放的主变量差异；
深入研究：同样在供体细胞内过表达主变量，去看他表 达在胞内的增加和释放增加有无相关性
4）机制环节：
与单细胞模型研究一样
a.只做供体细胞或受体细胞内的机制，二元关系足够单个细胞内上下游都存在的完美三元结构在这里不存，因为是半套研究
b.二元关系有直接与间接之分，水平天差地别
间接机制：明星通路蛋白WB+rescue
直接机制：分子类型归类分子交互模式，验证直接结合+结合位置——难度大
c.细节难度的顶峰——直接机制，宏观逻辑顶峰——多元变量+嵌套在二元细胞模型 细节+逻辑都是顶配——太高深
总结
1.完整的细胞研究对象：供体细胞或受体细胞
2.单变量与多元变量的规范动作依旧可以完整表现出来
3.四步骤半套细胞交互研究方法提纲
1）检测主变量的分子表达，临床相关性的统计分析
2）确定交互细胞与交互形式
3）细胞表型验证
4）机制研究 不仅考虑主变量是什么类型的分子，还要考虑交互的因变量分子是什么类型，不同类型的分 子交互有不同的研究方法
4.高端设计：直接机制+半套研究 全套交互模式：囊泡+miRNA
