软件管理Miniconda----相当于App store
- 下载
- 浏览器搜索“miniconda”网站，复制python3.7对应的版本下载链接；
[https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh]
image.png
- Linux下，输入 wget 和链接，回车下载：
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 下载完成后安装：
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
按提示操作，有需要的地方输入yes；
- 激活conda：
source ~/.bashrc
- 测试是否安装成功：输入conda会出现参数等信息，说明成功；
-
添加国内镜像
加速conda下载速度，使用国内镜像源：
- 中国科大开源镜像站（mirrors.ustc.edu.cn），复制粘贴输入以下代码
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
- 清华镜像站（mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn），复制粘贴输入以下代码
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
- 使用conda
- 查看当前所有软件列表，命令： conda list
- 搜索软件命令： conda search 软件名
例fastqc ： conda search fastqc - 安装软件，命令： conda install fastqc -y
参数 -y 是自动安装
可安装指定版本，默认安装最新版本 - 卸载软件，命令： conda remove fastqc -y
- conda环境
-
查看当前conda有哪些环境，命令：conda info --envs
前面带*的就是默认的
image.png 新建立conda环境，然后指定python版本是3：
conda create -n ChIP-seq python=3
如果想要将conda更新至新版本：
conda update -n base -c defaults conda
environment location: /data/xuyongxin/miniconda3/envs/ChIP-seq
- 激活新的conda环境：
source activate ChIP-seq
这时默认的*就会转移到ChIP-seq前面，用户名root前面出现了(ChIP-seq)； - 安装软件fastqc、trimmomatic，可以和建立环境一起进行：
conda create -n ChIP-seq python=3 fastqc trimmomatic -y - 卸载某环境中的软件
conda remove -n ChIP-seq fastqc -y - 卸载环境（全部卸载）
conda remove -n ChIP-seq --all - 退出当前环境
source deactivate
