当然，流言蜚语很快就传入博穆博果尔耳中，他关起门来将妻子董鄂氏狠狠地训斥了一番。但博穆博果尔万万没有想到，在听说他训斥了董鄂氏之后，他那当皇帝的哥哥竟然一抬手就给了他一耳光。被戴了绿帽，又挨了打，羞愤难当的博穆博果尔选择了自杀─时为顺治十三年（一六五六年）七月。

福临欲废后另立

为了把负面影响降到最低，孝庄要求儿子将博穆博果尔按亲王体例发丧，待二十七天丧服期满后，孝庄又派人将董鄂氏接入宫中，先封为贤妃，一个月后，又按儿子的意愿，晋封她为皇贵妃。

在后宫，皇贵妃地位仅次于皇后，不过福临对母亲的这种安排还是很不满意，他认为董鄂氏有德有才，坚持一定要立董鄂氏为皇后。一次，孝庄身体欠佳，皇后未能及时去探视，福临便抓住机会，指责皇后“礼节疏阙，命停应进中宫笺表”，并将此事交由诸王公贝勒及大臣们讨论，准备第二次废后了。本来，皇帝废后另立，哪朝哪代都有，算不上什么大事，但福临的先后两位皇后都是来自蒙古，说到底，这是一场政治利益大于一切的婚姻，假如福临再度废后另立，这就违反了满蒙多年来达成的默契，势必要影响满蒙关系，动摇大清的立国之基了。深明其中利害关系的孝庄自然不能容许儿子如此胡来，她凭着自己太后加母亲的威严，使得两个月后，福临同意仍“如旧制封进”。

但是此后，福临仍特别执拗的要废后另立。为表明自己坚持到底的决心，甚至公然下令抠去太庙匾额上的蒙古文字。面对这样多情执着的儿子，孝庄小心翼翼地维持着这微妙而又紧张的母子婆媳关系，让大清帝国的基业不致因后宫的变故而发生动摇。所幸的是，孝庄的这份苦心与无奈，福临与皇后不理解，通达人情的董鄂氏却能够体谅，她不惜委屈自己，主动周旋于皇后与皇帝之间，尽量缓和调节两人之间的关系，有时甚至到了孝庄所难以达到的作用。见董鄂氏如此的通情达理，豁达大度，孝庄也不再把她当外人，有事先与她商量，心里话也总是向这位儿媳妇倾诉，以至于到后来婆婆对这位儿媳到了须臾不能离开的地步。但尽管如此，深知其中轻重厉害的孝庄仍坚守着自己的底线-绝不允许儿子再废后另立！另外，为培养福临的执政能力，孝庄还为儿子写下激励忠言：“为天子者，处于至尊，诚为不易。民国者之本，治民必简任贤才，治国必亲忠远佞，用人必出于灼见真知，莅政必加以详审刚断，赏罚必得其平，服用必合乎则。毋作奢靡，务图远大，勤学好问，惩忿戒嬉。倘专事佚豫，则大业由兹替矣。凡几务至前，必综理勿倦。诚守此言，岂惟福泽于万世，亦大孝之本也”。作为一名少年天子，性情急躁的福临有时遇事难免不够冷静稳重。顺治十六年（一六五九年）六月，南明将领郑成功率兵围困江宁（今南京），扬言要荡平江南，直取北京。消息传来，福临惊慌失措得提出要放弃北京退守关外。对此，孝庄严词斥责：祖宗的基业，怎能轻易断送？羞愧难当的福临遂拔剑击几，逝言要御驾亲征。孝庄又耐心劝说：皇帝贵为天子，不应意气用事，每临大事尤其要冷静对待。最终福临改为留在北京坐镇指挥，派大军快速增援，又由于郑成功决策的失误，不久江宁之围即解。

两年连遭丧子丧妻

顺治十四年（一六五七年）十月，董鄂氏生下一个儿子，虽然这是福临的第四个儿子，然而此子一出生，他即下诏立其为太子。不幸的是，三个多月后，顺治十五年的农历正月二十四，这位备受宠爱的皇太子即不幸因病夭折了。虽然为减少董鄂氏的丧子之痛，顺治追封这位短命的皇太子为荣亲王，然经此打击，董鄂氏却从此一病不起，勉强在病榻上捱了两年，顺治十七年（一六年）八月，这位集万千宠爱于一身的皇贵妃即香消玉殒，撒手追子而去。

两年之内连遭丧子丧妻之痛，极重感情的福临从此也是精神颓落，郁郁寡欢，未出半年，即因患痘症追妻寻子而去，福临临终前，本想把皇位传给次子福全，但孝庄看中了玄烨，遂通过皇帝信赖的传教士汤若望，以玄烨出过天花为由，劝说福临改立皇三子玄烨，于是，八岁的玄烨成为大清新帝（年号康熙）。

为避免重蹈摄政王擅权的覆辙，福临临终前有意安排了四位满洲老臣索尼、遏必隆、苏克萨哈和鳌拜辅政。安徽有位叫周南的秀才，千里迢迢赶到北京，以皇帝尚未成年不能亲政为由，上书恳请孝庄太皇太后垂帘听政，被孝庄严词拒绝了。虽然她有足够的声望、资历、能力与理由，但孝庄她很清楚，外戚干政，后妃临朝，此例一开，势必为后代所效仿，引发动荡与内乱，给朝政增添无法预料的变量。因此，她坚持把朝政托付给四大臣，自己则多方延师倾力调教小孙子玄烨，培养他各方面的才能，以便他将来能担当起统御庞大清帝国的重任。

玄烨八岁即位，十岁时，生母佟佳氏即不幸病故，所以，虽然贵为大清皇帝，但他在这世界上唯一的亲人，也就只剩下他的皇祖母孝庄太皇太后了。而对于?庄而言，玄烨登基，等于是历史又重演了一回。她又得和十七年前一样，肩负起培养幼帝，把握政局的重任，只不过这一次儿子变成了孙子，年龄上由六岁变成八岁。

因为有了教导儿子的一番经历，孝庄对小皇孙的教导，从一开始就做到高标准、严要求。她不光关心他的起居，对他的言语举止，也都立下规矩，稍有逾越，则严加责罚，毫不留情。

康熙后来回忆说：“朕自幼龄学步能言时，即奉圣祖母慈训，凡饮食、动履、言语，皆有规度，虽平居独处，亦教以罔敢越轨，少不然即加督过，赖是以克有成。”当然，玄烨也没有辜负皇祖母的苦心和期望，他从小“即知黾勉（努力）学问，好读书，嗜书法，留心典籍，竟至过劳，痰中带血，亦未少辍”，成为历史上少有的不耻下问、勤奋好学的帝王，并很快成长为一代有为的英主。