1.安装Miniconda、激活conda、配置channels
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.7.12.1-Linux-x86_64.sh#(网址)
source .bashrc #激活conda
(base) bio05@VM-0-6-ubuntu:~$ which conda #查看安装路径
/home/bio05/miniconda3/bin/conda
vi .condarc #(创建 .condarc,并将镜像复制进去)
2.利用conda安装软件
conda install fasqtc #最后加入软件名
fastqc -help #查看 fastqc 帮助文档
conda renmove fastqc #移除fastqc软件
创建一个 rnaseq环境、激活环境
conda info --envs ##查看conda有哪些环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #创建rna-seq 环境,指定python版本,并安装fastqc、trimmomatic
conda activate rna-seq #rna-seq环境
conda deactivate #退出rna-seq环境