便秘，腹泻，恶心，腹部疼痛，排气，还有胀气，这些消化道症状可以使用支持消化保健品，增加omega-3的摄取，减少果糖摄取，减少摄取含有FODMAP的食物，以及限制自己食用煮过的水果和蔬菜而减少到最轻微。这些症状不应当持续超过二到四周，不过如果症状发生延误的情形十分严重，就要咨询医学专业人士。
与过渡时期相关的症状通常称为雅裡施——赫氏反应，或赫氏反应，或更通俗的die-off指的是当数量庞大的致病生物在体内快速死亡时，可能出现汹涌释放的细菌毒素和促炎性细胞激素。起初这是二十世纪之交时，用来描述接受水银治疗（作为抗菌药物）之梅毒病患的症状，这个词现在指的是因接受任何抗菌药治疗（例如抗生素）而出现的症状，同时最常与螺旋体类细菌迅速灭绝有关。因抗菌药治疗而产生的赫氏反应通常在施用第一剂便会很快发生，症状可能包括发烧发冷，僵直，低血压，头疼，心率过速，换气过渡，脸发红，肌肉疼痛，皮肤损伤的恶化以及焦虑。赫氏反应已被发现会出现在接受四环微素治疗，以根除一种有抗生素抗药性细菌（疑似，很有可能是直接的类肉瘤病病因）持续感染之类肉瘤病的病人身上，赫氏反应也被发现出现在接受慢性莱姆病治疗以根除伯氏疏螺旋体感染的病人身上，而伯氏疏螺旋体的感染已知与多发性硬化症及类风湿性关节炎有关。然而却没有医学研究确认赫氏反应是否是肠道内过渡生长的细菌和酵母菌快速灭绝（不论是抗生素引起的，或因饮食巨大变化引起）造成的后果。
