乡镇卫生院为了精细化管理提升经营业绩，尤其重视财务管理，主要任务：增收节支、收支平衡、略有结余。为完成此项任务，目前最主要核算方法是院科二级核算，而什么是院科二级核算的基础，什么是的前提，乡镇卫生院成本核算为什么优先选择院科二级核算？
预算管理是院科二级核算的基础，成本控制是院科二级核算的前提。
在医院管理核算体系中，不仅有两级（院、科）核算，还有三级（院、科和个人）核算。三级核算将个人纳入核算体系，目的是激励个人的成本意识和创收意识，在医院经营管理中起到一定的积极作用。但三级核算的方式鼓励个人创收与新医改的要求不相吻合，且过多提倡个人行为的结果是医生之间互相封闭技术，不利于乡镇卫生院的发展，也容易带来医患纠纷。院科两级核算是由收支核算的基础上发展而来，主要强调成本核算，使科室成本核算成为目标管理责任制的重要内容，将全院的成本管理有效地分解成多个单元，有利于成本的细化管理，同时因为科室的效益关系到员工切身利益，有助于全员对成本控制的参与。
