在可见的将来，还会有大量的单细胞数据分析初学者。我们带着自己已有的知识背景加入到单细胞数据分析大军中来，在我们第一次决定要做单细胞相关的工作时，我们不禁会自问：单细胞数据可以分析什么？
这里，我们列举了几个常见的单细胞转录组分析流程，出处自然给出。这些workflow让我们对单细胞有一个鸟瞰式的认知，好比一个练家子的练武柱桩，有了这个就可以去打生物学问题了。
我们在不同场合提到过，单细胞数据分析相比传统的ngs分析多了一个细胞分析。比如单细胞转录组，可以分析：
- 转录组（基因表达）
- 细胞（分群，轨迹等）
单细胞数据分析的难点一个是细胞捕获（获得单个细胞），一个是细胞注释（识别出细胞身份），好在目前这两个都不再没有头绪，甚至可以说可以用的工具很多。
在我们成功捕获到了细胞，识别出细胞身份之后，其实数据分析才刚开始。就像小说，到这里其实相当于给角色起好名字了，真正的故事在后面。当然，也有可能写着写着写出新的人物如女二（新的细胞类型）。
所以刚开始你还在学单细胞数据分析，到这就听到只会这些个分析其实只算事基本功。这距离就像会配缓冲液到获得诺贝尔一样，加油，科研人。
https://speakerdeck.com/stephaniehicks/welcome-to-the-world-of-single-cell-rna-sequencing?slide=3
10xgenomics
Computational approaches for high‐throughput single‐cell data analysis
Luecken M D, Theis F J. Current best practices in single‐cell RNA‐seq analysis: a tutorial[J]. Molecular Systems Biology, 2019, 15(6).
In-depth-NGS-Data-Analysis-Course
scrnaseq-course.cog.sanger.ac.uk
kallistobus
生信技能树版
改编自 SCENIC Workflow
改编自 Computational approaches for interpreting scRNA-seq data
https://scrnaseq-course.cog.sanger.ac.uk/website/index.html
https://hbctraining.github.io/In-depth-NGS-Data-Analysis-Course/sessionIV/lessons/SC_pre-QC.html
https://scrnaseq-course.cog.sanger.ac.uk/website/introduction-to-single-cell-rna-seq.html
https://www.10xgenomics.com/blog/single-cell-rna-seq-an-introductory-overview-and-tools-for-getting-started
https://liorpachter.wordpress.com/2019/06/21/near-optimal-single-cell-rna-seq-pre-processing/
https://www.kallistobus.tools/tutorials
