ChIP-seq之MACS2进行peakcalling

100天生信-Day5

ChIP-seq、ATAC-seq等需要在全基因组上找到特定位置的结合/切割/富集的高通量测序技术，都需要进行reads比对后的peakcalling步骤，一般最常用的就是MACS2(特别是窄peak)

单纯进行call peak还是很简单的,命令如下：

macs2 callpeak -t Ta_IP_.sort.bam -c Ta_Input.sort.bam -f BAM -g 17e9 -n Ta_IP -B -q 0.05 --outdir peaks_result > MACS2.log 2>&1 &

# -t 实验组；-c 对照组； -f 输入格式；-g 基因组大小；
# -n 输出文件前缀；-B 保存信息在bedGraph文件；
# -q 默认就是0.05，是筛选peaks的阈值，基于泊松分布，如果结果peaks太少可使用-p参数，用pvalue筛选
# --outdir 输出文件的文件夹
# > MACS2.log 2>&1 &      后台运行，报告输出到log文件
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