linux 如何使用qsub命令投递集群任务 2022-06-06

• 投递任务

exp:qsub -cwd -l vf=70g,num_proc=2 -q stt.q -P N0059 -binding linear:2 $filename
-cwd 使用当前的目录作为工作环境，所生成的所有文件默认保存到投递任务的当前环境下；
     否则默认保存到home目录下
-l vf=70g,num_proc=2 请求资源列表，请求分配70g的内存，和2个cpu资源
-q stt.q 将作业绑定到指定的队列
-p N0059 根据分组号定义任务的优先级，不同的分组得到的优先级不同
-bind liner:2 将作业绑定到处理器的内核，cpu核数，与进程数目有关？
-pe smp 4 指定任务需要4个线程，与线程数目有关？
-e 定义标准错误输出的文件名
-o 定义标准输出的文件名

• 将参数写在shell脚本中

#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -l vf=70g,num_proc=2
#$ -q stt.q
#$ -p N0059
......
然后直接qsub *.sh即可

• 查询任务

qstat -f 查看所有的任务
qstat -u user 查看指定用户的任务
qstat -r 查看正在运行的任务
qstat -q 列出所有的队列
qstat -a 查看所有的任务

• 删除任务

qdel -u user 删除指定用户的所有任务

• 任务状态

qw 等待
Eqw 出错，一般是没有给文件权限
r 正在运行