脚本更新--（xenium、cosmx、HD等）不同条件下细胞类型的空间组织差异

作者，Evil Genius

有粉丝问下面的结果可以复现么？

其实技术的问题从来都不是问题。

关于高精度空转的CN分析分享的已经很多了，而对于niche的基因表达差异，也分享过了，文章在脚本更新--（Xenium、CosMx、HD）邻域特异性基因表达

其中关心的应该是niche在不同分组中的差异分析,或者不同区域的直观差异，主要实现下面的图

分析思路也很简单，CN + 个性化绘图。

我们来实现，首先来看示例数据，一般来讲高精度芯片一般放了好几个样本，病理信息一定要梳理好，这个是基础了啊，没有理由做不好,分析的时候千万不要因为基础信息折腾半天。

CN需要考虑的只有一个点：邻域范围，这个大家针对自己的课题需要摸索一下。

做好细胞注释

adata.obs
                               fov                             Study  Relapse  Patient_ID Treatment_type       celltype
TMA31_R1C2_cell284      TMA31_R1C2       Hospital_12_de_Octubre-CNIO      1.0       122.0    neoadjuvant       Cancer_1
TMA31_R1C2_cell285      TMA31_R1C2       Hospital_12_de_Octubre-CNIO      1.0       122.0    neoadjuvant     Fibroblast
TMA31_R1C2_cell286      TMA31_R1C2       Hospital_12_de_Octubre-CNIO      1.0       122.0    neoadjuvant            CAF
TMA31_R1C2_cell287      TMA31_R1C2       Hospital_12_de_Octubre-CNIO      1.0       122.0    neoadjuvant       Cancer_1
TMA31_R1C2_cell288      TMA31_R1C2       Hospital_12_de_Octubre-CNIO      1.0       122.0    neoadjuvant       Cancer_1
...                            ...                               ...      ...         ...            ...            ...
TMA44_R9C8_cell3146460  TMA44_R9C8  Hospital_MD_Anderson_Madrid-CNIO      1.0       232.0       adjuvant     Fibroblast
TMA44_R9C8_cell3146461  TMA44_R9C8  Hospital_MD_Anderson_Madrid-CNIO      1.0       232.0       adjuvant  Smooth_Muscle
TMA44_R9C8_cell3146463  TMA44_R9C8  Hospital_MD_Anderson_Madrid-CNIO      1.0       232.0       adjuvant     Fibroblast
TMA44_R9C8_cell3146465  TMA44_R9C8  Hospital_MD_Anderson_Madrid-CNIO      1.0       232.0       adjuvant  Smooth_Muscle
TMA44_R9C8_cell3146466  TMA44_R9C8  Hospital_MD_Anderson_Madrid-CNIO      1.0       232.0       adjuvant     Fibroblast

然后我们代码实现