推荐一个 VCF 文件格式转换的脚本。
https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip
常见用法：将 VCF 文件转换为 PHYLIP 格式
python vcf2phylip.py -i input.vcf
-i或--input：指定输入的 VCF 文件。如果 VCF 文件是.vcf.gz格式，它会自动解压并读取。
自定义输出文件夹和文件名前缀：
python vcf2phylip.py -i input.vcf --output-folder ./output --output-prefix mydata
--output-folder：指定输出文件夹名称。如果不存在，将会自动创建。
--output-prefix：自定义输出文件名前缀。默认情况下，输出文件名前缀与输入 VCF 文件名相同。
设置外类群：
python vcf2phylip.py -i input.vcf -o OutgroupSample
-o或--outgroup：指定外类群样本名称。
输出不同格式：
# 生成 FASTA 格式
python vcf2phylip.py -i input.vcf -f
# 生成 NEXUS 格式
python vcf2phylip.py -i input.vcf -n
# 生成 二进制 NEXUS 格式（适用于 SNAPP 分析）
python vcf2phylip.py -i input.vcf -b
-f或--fasta：生成 FASTA 格式。
-n或--nexus：生成 NEXUS 格式。
-b或--nexus-binary：生成二进制 NEXUS 格式，仅适用于二倍体基因型。
