TCGA蛋白数据挖掘神器来了
作者：白介素2
TCGA的神器这么多，据白介素同学所知，能够做 TCGA蛋白数据挖掘目前寥寥无几，好用的暂时木有发现，原因是啥，也不清楚。最近出了一个网页版 TCGA蛋白数据挖掘神器，下面来看下，有啥功能：
假设你对某个蛋白感兴趣
发表级图片，可供下载，直接放到Paper里的
广而告之
说一个事，鉴于简书平台在信息传播方面有不足之处，应粉丝要求，白介素2的个人微信平台已经开启，继续聊临床与科研的故事，R语言，数据挖掘，文献阅读等内容。当然也不要期望过高，微信平台目前的定位是作为自己的读书笔记，如果对大家有帮助最好。如果感兴趣， 可以扫码关注下。
查看某种肿瘤中与预后相关的蛋白，当然啦，仅限于 TCGA的蛋白数据，已火山图的形式展示：
第三种应用功能：想了解一下某个蛋白在各种肿瘤中的预后情况，同样以火山图的形式展示，可以直观的看到某个感兴趣的蛋白的预后情况，与哪几种肿瘤相关呢？比如下面这张图，展示的是 这个蛋白与 ACC和PRAD这两种肿瘤预后关系最明显，横轴表示的是 log HR，纵轴表示 -log10(pvalue)
同样的有柱状图展示：
补充一下，这个神器能完成各种临床参数的选择，还能选择 OS， DFS等，可交互式调节 lable。 要说有没有缺点？
唯一的缺点，就是速度比较感人。
但是功能强大，堪称神器，TCGA蛋白数据挖掘，就交给这个神器吧
另外聊一下这个神器的背景，2018年发表在 F1000Research上，去年10月经过了revise，现在是第二版。
今天就聊到这吧，还不快去试试看！白介素同学祝大家学习愉快！
神器网址：
https://nborcherding.shinyapps.io/TRGAted/
参考文献：
https://f1000research.com/articles/7-1235/v2
