基础科研的逻辑结构
第1层:恒量与变量
第2层:单变量论证套路
-----表达差异,正反回复,细胞动物
第3层:多元变量组合(以二元结构为典型单元模块)
------先辨主次、再分上下、两两调控、三三回复
第4层:分子交互形式(以二元交互为解锁钥匙)
-----直接交互、分子归类、横向纵向、而未展开
第5层:细胞交互模式(分子信号传递的空间场景) 第6层:多为嵌套格式(包含变量组合、分子交互、细胞交互等多种增加层次感的逻辑嵌套)
文章的5中逻辑嵌套
1.表型嵌套:用一种表型作为解释另外一种表型发生的原因
2.变量嵌套:上下游调控链条,在胞内传递信息流。
下游变量解释了上游变量的效应缓解,在上游变量和表型间建立起逻辑桥梁 上游变量回答了下游变量的驱动因素
3.分子嵌套:分子变量间的直接交互作用(相同或不同类型产生的相互结合)。
结合并不一定造成调控关系,其中有伴侣分子的作用模式,因此分子嵌套一定构成多元变量 组合,但并不限制于有上下游调控关系的一组变量)
4.横纵嵌套:同时多元变量,但聚焦到分子在形态上的变化
5.细胞嵌套:必然涉及变量嵌套,单变量的细胞交互研究,可吧其中一种细胞理解成表 型,简化表型嵌套来拆解
各种嵌套模式的配置
1.表型嵌套:必须用rescue论证表型间的因果关系,因此两个表型很常规,三个也能够理 清。
但三个以上就会过于凌乱,不如增加变量效果好
2.变量嵌套:高分文章中,三元变量是基本配置,再往下游或支路适当延伸一下,四五个 变量稀松平常。
但变量组合超过5个,在增加已无法对文章的曾子制造贡献,反而拖累了论证的条理性
3.分子嵌套、纵横嵌套:门槛高工作量大,因此直接交换作用一篇文章配置一组即可。高 级策略是研究三元直接交互,这样就至少拆成两组二元分子交互来验证,比如转录因子 结合lncRNA,就有蛋白-DNA和蛋白-RNA两组交互数据得以呈现。分子修饰、可变剪切在逻辑深度上等同于分子交互,所以有一组分子交互加上分子形变的横纵嵌套,恰到好处。
4.细胞交互:后置选项,一般先有分子机制、再有细胞交互。而表型嵌套一般会前置,在 设计分子机制前就可以构筑表型的分层内容。