SwissDock是瑞士生物信息研究所分子建模小组开发的一个免费在线分子对接工具，用于进行蛋白质与小分子之间相互作用的模拟，它的网址是：
http://www.swissdock.ch/
1. 准备靶蛋白的pdb文件：
平台要求输入靶蛋白的pdb结构文件，且移去其中的配体和非蛋白分子（如水分子）。蛋白的pdb文件可以从RSCB PDB 数据库（https://www.rcsb.org/）下载，当有多个结构时，选择分辨率更高的结构。可以用Pymol软件移去其中的配体（如果有的话）和非蛋白分子，再保存为pdb后缀的文件。
2. 准备小分子的mol2文件：
可以从PubChem数据库（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/）下载小分子结构的sdf文件（或者用ChemDraw画出），然后用OpenBabel软件转化成mol2格式。
3.在对接平台上分别上传靶蛋白和小分子的结构文件，输入该工作的命名，点击submit即可。
